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Open Access Molecular epizootiology of recurrent low pathogenic avian influenza by H9N2 subtype virus in Korea

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The first outbreak of low pathogenic avian influenza (LPAI), H9N2 virus subtype, in 1996 prompted an eradication response, but LPAI returned to Korea in 1999. The relationship between the first and the recurrent viruses is unclear. To determine the molecular epizootiology of recurrent LPAI, we performed phylogenetic analysis with partial nucleotide sequences of four gene segments ( HA , NA , NP and PB2 ) from eight chicken-origin H9N2 viruses. The recurrent H9N2 viruses showed higher nucleotide similarity in haemagglutinin and neuraminidase genes to the 1996 Korean isolates than other Eurasian viruses, and formed a distinct cluster with the early Korean isolates and some isolates from migratory and domestic ducks in Japan and China. Phylogenetic analysis with internal genes showed that some Korean isolates formed a cluster with other subtypes, such as H5N1, H6N1, and H6N2 in China and Taiwan. These results suggest that the recurrent viruses are progeny of the early Korean H9N2 isolates, but further studies are required to explain their phylogenetic relatedness to viruses in China. Epizootiologie moléculaire du sous type H9N2 du virus de l'influenza aviaire faiblement pathogène (LPAI), récurrent en Corée En 1996, le premier cas d'influenza aviaire faiblement pathogène (LPAI), de sous type H9N2, a entraîné l'application de mesures d'éradication, mais la LPAI est réapparue en Corée en 1999. La relation entre les premiers virus et les virus récurrents n'est pas claire. Pour déterminer l'épizootiologie moléculaire de la LPAI récurrente, nous avons réalisé une analyse phylogénétique avec des séquences nucléotidiques partielles pour quatre segments génomiques ( HA , NA , NP et PB2 ) à partir de huit virus H9N2 isolés de poulets. Les virus H9N2 récurrents ont montré, pour les gènes HA et NA, une similarité supérieure à la souche coréenne de 1996 qu'aux autres virus eurasiens, et ont formé un groupe distinct avec les premières souches coréennes ainsi qu'avec quelques souches isolées de canards migrateurs et domestiques au Japon et en Chine. L'analyse phylogénétique des gènes internes a montré que quelques souches coréennes formaient un groupe avec d'autres sous types, tels H5N1, H6N1, et H6N2 en Chine et à Taiwan. Ces résultats suggèrent que les virus récurrents sont des descendants des premières souches H9N2 coréennes, mais pour expliquer leur parenté phylogénétique avec les virus isolés en Chine des études complémentaires sont nécessaires. Molekulare Epizootiologie der rekurrenten gering pathogenen aviären Influenza (LPAI) des H9N2- Virussubtyps in Korea Der Erstausbruch mit dem gering pathogenen aviären H9N2-Influenzavirussubtyp im Jahr 1996 löste ein Eradikationsprogramm aus, aber die LPAI kehrte 1999 nach Korea zurück. Die Beziehung zwischen den Virusisolaten aus dem ersten und dem rekurrenten LPAI-Ausbruch ist bislang unklar gewesen. Um die molekulare Epizootiologie der wiedergekehrten LPAI zu untersuchen, führten wir eine phylogenetische Analyse von Nukleotidteilsequenzen von vier Genomsegmenten (HA, NA, NP und PB2 ) von acht Hühner-H9N2-Viren durch. Die rekurrenten H9N2-Virusisolate wiesen in den HA- und NA-Genen eine größere Ähnlichkeit zu den koreanischen Isolaten aus 1996 als zu anderen eurasischen Viren und bildeten eindeutig ein Kluster zusammen mit den ersten koreanischen Isolaten und einigen Isolaten aus Zug- und Hausenten in Japan und China. Die phylogenetische Analyse der inneren Gene zeigte, dass einige koreanische Isolate mit anderen Subtypen wie H5N1, H6N1 und H6N2 aus China und Taiwan ein Kluster bildeten. Diese Ergebnisse lassen erkennen, dass die rekurrenten Virusstämme Nachfolger der früheren koreanischen H9N2-Isolate sind. Um aber ihre genetische Beziehung zu den Virusstämmen aus China erklären zu können, sind weitere Untersuchungen nötig. Epizootiología molecular de la Influenza Aviar de Baja Patogenicidad (LPAI) por el subtipo de virus H9N2 recurrente en Korea El primer brote de influenza aviar de baja patogenicidad (LPAI), subtipo de virus H9N2, en 1996 despertó la implantación de un programa de respuesta para la erradicación, pero la LPAI volvió a Korea en 1999. La relación entre los virus iniciales y recurrentes no está clara. Para determinar la epizootiología molecular de la LPAI recurrente, llevamos a cabo un análisis filogenético con las secuencias nucleotídicas parciales de segmentos de cuatro genes ( HA , NA , NP and PB2 ) de ocho virus H9N2 procedentes de pollos. Los virus H9N2 recurrentes mostraron mayor similitud nucleotídica en los genes HA y NA con los aislamientos de Korea de 1996 que con otros virus Euroasiáticos, y formaron un nuevo grupo con los aislamientos Koreanos iniciales y con algunos aislamientos de patos domésticos y migratorios de China y Japón. Los análisis filogenéticos de los genes internos mostraron que algunos aislamientos Koreanos se agruparon con otros subtipos, como el H5N1, H6N1 y H6N2 de China y Taiwan. Estos resultados sugieren que los virus recurrentes descienden de los aislamientos iniciales Koreanos H9N2, pero para explicar su relación filogenética con los virus de China son necesarios más estudios.
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Document Type: Research Article

Affiliations: 1: Laboratory of Avian Influenza virus Zoonotic Disease Institute (ZooDI) 2: Laboratory of Avian Diseases, College of Veterinary Medicine, Seoul National University, Seoul, 151-742, Korea

Publication date: August 1, 2006

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