Genetic variation of the ompA and 16S rRNA genes of Riemerella anatipestifer

The genetic diversity of the 16S rRNA and ompA genes of Riemerella anatipestifer was investigated. A 16S rRNA gene-based PCR was able to amplify all 18 Taiwanese strains and 10 reference strains. The identity of 16S rRNA sequence of these strains and seven other sequences retrieved from GenBank was 95.0–100.0%. The percentage identity of the ompA sequence of the 15 Taiwanese strains and eight reference strains amplified in this study and two other sequences retrieved from GenBank was 88.1–100.0%. Phylogenetic analysis based on the 16S rRNA gene showed that all the R. anatipestifer strains fell into a single cluster. It is concluded that the 16S rRNA gene-based PCR is suitable for the screening of R. anatipestifer infections. Phylogenetic analysis of the ompA of R. anatipestifer resulted in three different clusters, while seven clusters were found when the derived amino acid sequence was the basis of analysis. No apparent cluster was found using the criteria of host, isolate serotype, the year or location of isolation. Variation génétique des gènes ompA et ARNr 16S de Riemerella anatipestifer Il a été étudié la diversité génétique des gènes ompA et ARNr 16S de Riemerella anatipestifer. Une PCR basée sur le gène ARNr 16S a été capable d'amplifier les 18 souches taiwanaises et les 10 souches de référence. L'identité de la séquence de l'ARNr 16S de ces souches et de sept autres séquences récupérées à la GenBank a été de 95,0–100%. Le pourcentage d'identité de la séquence ompA des 15 souches taiwanaises et des huit souches de référence amplifiées dans cette étude et de deux autres séquences récupérées à la GenBank a été de 88,1–100,%. L'analyse phylogénétique basée sur le gène ARNr 16S a montré que toutes les souches de R. anatipestifer appartenaient à un seul groupe. Il a été conclu que la PCR basée sur le gène ARNr 16S est appropriée au screening des infections à R. anatipestifer. L'analyse phylogénétique de l' ompA de R. anatipestifer a abouti à trois groupes différents, alors que sept groupes ont été mis en évidence quand l'analyse a été basée sur la séquence dérivée en acides aminés. Aucun groupe évident n'a été trouvé en utilisant les critères : hôte, sérotype de la souche, année ou localisation de l'isolement. Genetische Variation des ompA - und des 16SrRNS-Gens von Riemerella anatipestifer Die genetische Vielfalt des 16SrRNS- und des ompA -Gens von Riemerella anatipestifer wurde untersucht. Eine auf dem 16SrRNS-Gen basierende PCR war in der Lage, alle 18 taiwanesischen Isolate sowie 10 Referenzstämme zu amplifizieren. Die Übereinstimmung der 16SrRNS-Sequenz dieser und sieben anderer von der Genbank abgerufenen Stämme betrug 95,0–100,0 %. Die auf dem 16SrRNS-Gen beruhende phylogenetische Analyse zeigte, dass alle diese R. anatipestifer -Stämme zu einem Cluster gehörten. Daraus wird geschlossen, dass die auf dem 16SrRNS-Gen basierende PCR für die Überprüfung auf R. anatipestifer -Infektionen geignet ist. Die phylogenetische Analyse des ompA von R. anatipestifer ließ drei verschiedene Cluster erkennen, während bei der Analyse der daraus resultierenden Aminosäuresequenzen sieben Cluster gefunden wurden. Bei dem Versuch der Einteilung hinsichtlich Wirtstier, Serotyp des Isolats, Jahr und Ort der Isolierung waren keine Cluster ersichtlich. Variación genética de los genes ompA y 16S rARN de Riemerella anatipestifer Se investigó la diversidad genética de los genes 16S rARN y ompA de Riemerella anatipestifer . Se utilizó una PCR basada en el 16S rRNA, con la cual fue posible amplificar 18 cepas Taiwanesas y 10 cepas de referencia. La identidad de la secuencias de 16S rARN de estas cepas y de otras siete cepas obtenidas del GenBank fue del 95.0–100.0%. El porcentaje de identidad de la secuencia de ompA de 15 cepas Taiwanesas y de ocho cepas de referencia amplificadas en este estudio y de otras dos secuencias obtenidas del GenBank fue del 88.1–100.0%. Los análisis filogenéticos basados en el gen 16S rARN mostraron que todas las cepas de R. anatipestifer se encontraban en un mismo grupo o cluster. Se concluye que la PCR basada en el gen 16S rARN es adecuada para la detección de infecciones por R. anatipestifer . Los análisis filogenéticos de ompA de R. anatipestifer resultaron en tres grupos diferentes, mientras que se formaron siete grupos cuando la secuencia de aminoácidos fue la base del análisis. No se formaron grupos o clusters utilizando los criterios de huésped, aislado, serotipo o año o localización del aislamiento.