Skip to main content
padlock icon - secure page this page is secure

Distribution of Ty3-gypsy- and Ty1-copia-like DNA sequences in the genus Helianthus and other Asteraceae

Buy Article:

$36.92 + tax (Refund Policy)

Two repeated DNA sequences, pHaS13 and pHaS211, which revealed similarity to the int gene of Ty3-gypsy retrotransposons and the RNAse-H gene of Ty1-copia retroelements, respectively, were surveyed in Asteraceae species and within the genus Helianthus. Southern analysis of the genome of selected Asteraceae that belong to different tribes showed that pHaS13- and pHaS211-related subfamilies of gypsy- and copia-like retroelements are highly redundant only in Helianthus and, to a lesser extent, in Tithonia, a Helianthus strict relative. However, under low stringency posthybridization washes, bands were observed in almost all the other Asteraceae tested when pHaS13 was used as a probe, and in several species when pHaS211 was hybridized. FISH analysis of pHaS13 or pHaS211 probes was performed in species in which labelling was observed in Southern hybridizations carried out under high stringency conditions (Helianthus annuus, Tithonia rotundifolia, Ageratum spp., Leontopodium spp., Senecio vulgaris for pHaS13, and H. annuus, Tithonia rotundifolia, and S. vulgaris for pHaS211). Scattered labelling was observed over all metaphase chromosomes, indicating a large dispersal of both Ty3-gypsy- and Ty1-copia-like retroelements. However, preferential localization of Ty3-gypsy-like sequences at centromeric chromosome regions was observed in all of the species studies but one, even in species in which pHaS13-related elements are poorly represented. Ty1-copia -like sequences showed preferential localization at the chromosome ends only in H. annuus. To study the evolution of gypsy- and copia-like retrotransposons in Helianthus, cladograms were built based on the Southern blot hybridization patterns of pHaS13 or pHaS211 sequences to DNA digests of several species of this genus. Both cladograms agree in splitting the genomes studied into annuals and perennials. Differences that occurred within the clades of perennial and annual species between gypsy- and copia-like retroelements indicated that these retrotransposons were differentially active during Helianthus speciation, suggesting that the evolution of the 2 retroelement families was, within limits, independent.Key words: Asteraceae, FISH, genome evolution, Helianthus, retrotransposons, Ty1-copia, Ty3-gypsy.

Deux séquences répétitives, pHaS13 et pHaS211, montrant respectivement de la similitude avec le gène int des rétrotransposons Ty3-gypsy et avec le gène de la RNase H des rétroéléments Ty1-copia, ont été étudiées chez des asteracées et au sein du genre Helianthus. Une analyse Southern du génome d'asteracées appartenant à différentes tribus a révélé que les sous-familles de séquences apparentées à pHas13 et à pHaS211, rétroéléments de type gypsy ou copia, sont grandement répétés uniquement chez Helianthus et à un moindre degré chez Tithonia, un proche parent de Helianthus. Cependant, en effectuant des lavages à faible stringence, des bandes ont été observées chez presque toutes les autres asteracées lorsque pHaS13 était employée comme sonde et chez plusieurs espèces lorsque pHaS211 était employé. Des analyses FISH avec les sondes pHaS13 et pHaS211 ont été réalisées chez les espèces ayant montré un signal lors des hybridations Southern à forte stringence (H. annuus, Tithonia rotundifolia, Ageratum spp. Leontopodium spp. et Senecio vulgaris pour pHaS13 ; H. annuus, Tithonia rotundifolia et S. vulgaris pour pHaS211). Un marquage épars a été observé chez tous les chromosomes en métaphase, ce qui suggère une large distribution de rétroéléments de type Ty3-gypsy et Ty1-copia. Cependant, une localisation préférentielle des séquences de type Ty3-gypsy proche des régions centromériques a été observée chez toutes les espèces sauf un, même chez les espèces où les éléments de type pHaS13 étaient peu présents. Les séquences de type Ty1-copia étaient localisées préférentiellement aux extrémités chromosomiques seulement chez H. annuus. Afin d'étudier l'évolution des rétrotransposons de type gypsy et copia chez Helianthus, des cladogrammes ont été produits sur la base des bandes obtenues en hybridation Southern où les séquences pHaS13 ou pHaS211 étaient employées sur l'ADN digéré de diverses espèces de ce genre. Les 2 cladogrammes s'accordaient pour séparer les espèces en deux groupes : les espèces annuelles ou pérennes. Les différences observées entre les 2 types d'éléments au sein des deux clades suggèrent que ces transposons ont fait preuve d'activités différentes au cours de la spéciation au sein du genre Helianthus. Cela suggère que l'évolution des 2 familles de rétroéléments se serait produite de façon relativement indépendante.Mots clés : asteracées, FISH, évolution du génome, Helianthus, rétrotransposons, Ty1-copia, Ty3-gypsy.[Traduit par la Rédaction]
No Reference information available - sign in for access.
No Citation information available - sign in for access.
No Supplementary Data.
No Article Media
No Metrics

Document Type: Research Article

Publication date: January 1, 2006

More about this publication?
  • Access Key
  • Free content
  • Partial Free content
  • New content
  • Open access content
  • Partial Open access content
  • Subscribed content
  • Partial Subscribed content
  • Free trial content
Cookie Policy
X
Cookie Policy
Ingenta Connect website makes use of cookies so as to keep track of data that you have filled in. I am Happy with this Find out more