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Sequence and chromosomal assignment of a human novel cDNA: similarity to gamma-aminobutyric acid transporter

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Gamma-aminobutyric acid (GABA) is the predominant inhibitory neurotransmitter in the mammalian brain. Although initially thought to be confined to the central nervous system, GABAergic activity has also been described in other tissues throughout the body. In the present study, we report the cloning and localization of human GABA transporter cDNA and document its expression in various human tissues. A human liver cDNA library was initially screened by a 32P-labeled murine brain GABA transporter 3 (GAT-3) cDNA probe, and full-length cDNA was cloned by employing Marathon-Ready(tm) human kidney cDNA. The human GABA transporter cDNA encoded a 569 amino acid hydrophobic protein with 12 transmembrane domains (TMs). Search of published sequences revealed high homology with rat GAT-2, murine GAT-3 cDNA, human solute carrier family 6 member 13 (SLC6A13), and a human peripheral betaine/GABA transporter. Northern blot analyses demonstrated that the human GABA transporter is expressed strongly in the kidney and to a lesser extent in the liver and brain. The sequence was well matched with human chromosome 12p13.3, suggesting the human GABA transporter contains 14 exons. The above findings confirm the existence of and further characterize a specific GABA transporter in human tissues.Key words: sequence, chromosome, GABA, GABA transporter.

L'acide gamma-aminobutyrique (GABA) est le principal neurotransmetteur inhibiteur dans le cerveau de mammifère. D'abord associée uniquement au système nerveux, l'activité GABAergique a aussi été décrite dans d'autres tissus corporels. Dans la présente étude, nous examinons le clonage et la localisation de l'ADNc du transporteur de GABA humain et nous documentons son expression dans divers tissus. Une bibliothèque d'ADNc de foie humain a d'abord été criblée au moyen d'une sonde d'ADNc du transporteur de GABA 3 (GAT-3) du cerveau murin marqué au 32P, et l'ADNc complet a été cloné en utilisant une bibliothèque d'ADNc Marathon-Ready(tm) de foie humain. L'ADNc du transporteur de GABA humain a encodé une protéine hydrophobe de 469 acides aminés ayant 12 domaines transmembranaires. L'examen des séquences publiées a révélé une grande homologie avec le GAT-2 de rat, l'ADNc du GAT-3 murin, le membre 13 de la famille 6 des transporteurs de soluté humains (SLC6A13) et un transporteur de bétaïne/GABA périphérique humain. Des analyses par buvardage de Northern ont démontré que le transporteur de GABA humain est exprimé fortement dans le rein et à un degré moindre dans le foie et le cerveau. La séquence était bien appariée avec le chromosome 12p13.3 humain, ce qui donne à penser que le transporteur de GABA humain contient 14 exons. Ces résultats confirment l'existence d'un transporteur de GABA spécifique dans les tissus humains et le caractérisent davantage.Mots clés : séquence, chromosome, GABA, transporteur de GABA.[Traduit par la Rédaction]
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Keywords: GABA; GABA transporter; chromosome; sequence; séquence; transporteur de GABA

Document Type: Research Article

Publication date: December 1, 2001

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