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Cytochrome P4502C9 (CYP2C9) allele frequencies in Canadian Native Indian and Inuit populations

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CYP2C9 is the major P450 2C enzyme in human liver and contributes to the metabolism of a number of clinically important substrate drugs. This polymorphically expressed enzyme has been studied in Caucasian, Asian, and to some extent in African American populations, but little is known about the genetic variation in Native American populations. We therefore determined the 2C9*2 (Arg144Cys) and 2C9*3 (Ile359Leu) allele frequencies in 153 Native Canadian Indian (CNI) and 151 Inuit subjects by PCR-RFLP techniques. We also present genotyping data for two reference populations, 325 Caucasian (white North American) and 102 Chinese subjects. Genotyping analysis did not reveal any 2C9*4 alleles in the CNI, Inuit, Caucasian, or Chinese individuals. The 2C9*2 allele appears to be absent in Chinese and Inuit populations, but was present in CNI and Caucasian subjects at frequencies of 0.03 and 0.08–0.15, respectively. The 2C9*3 allele was not detected in the Inuit group, but occured in the CNI group (f = 0.06) at a frequency comparable to that of other ethnic groups. This group of Inuit individuals are the first population in which no 2C9*2 or *3 alleles have been detected so far. Therefore, these alleles may be extremely rare or absent, and unless other novel polymorphisms exist in this Inuit group one would not anticipate any CYP2C9 poor metabolizer subjects among this population.Key words: CYP2C9, polymorphism, genotyping, ethnic diversity.

Le CYP2C9 est la principale enzyme P450 2C du foie humain et contribue au métabolisme de plusieurs médicaments substrats cliniquement importants. Cette enzyme polymorphe a été examinée dans les populations d'origine caucasienne, asiatique et, jusqu'à un certain point, afro-américaine; toutefois, on possède peu d'information sur la variation génétique dans les populations américaines autochtones. Ainsi, nous avons déterminé les fréquences des allèles 2C9*2 (Arg144Cys) et 2C9*3 (Ile359Leu) par PCR-EFLP chez 153 Amérindiens (AC) et 151 Inuits du Canada. Nous avons aussi présenté les données de génotypage pour deux populations de référence, 325 Caucasiens (Nord-Américains blancs) et 102 Chinois. L'analyse par génotypage n'a pas révélé la présence d'allèles 2C9*4 chez les AC, les Inuits, les Caucasiens, ou les Chinois. L'allèle 2C9*2 semble inexistant chez les Chinois et les Inuits, mais est présent chez les AC et les Caucasiens à des fréquences de 0,03 et 0,08 à 0,15, respectivement. L'allèle 2C9*3 n'a pas été détecté chez les Inuits, mais est présent chez les AC (f = 0,06) ainsi que chez les autres groupes ethniques. Les Inuits constituent la seule population où les allèles 2C9*2 ou *3 n'ont pas été détectés à ce jour. Ces allèles pourraient être extrêmement rares ou absents et, à moins que ce groupe présente de nouveaux polymorphismes, on ne devrait pas trouver de métaboliseurs lents du CYP2C9 dans cette population.Mots clés : CYP2C9, polymorphisme, génotypage, diversité ethnique.[Traduit par la Rédaction]
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Keywords: CYP2C9; diversité; ethnic diversity; ethnique; genotyping; génotypage; polymorphism; polymorphisme

Document Type: Research Article

Publication date: October 1, 2001

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