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Tilling the chromatin landscape: emerging methods for the discovery and profiling of protein–DNA interactions

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Interactions between protein and DNA are essential for cellular function. The incremental process of developing global approaches to study chromatin began with the in vitro characterization of chromatin structural components and modifications of the versatile chromatin immunoprecipitation (ChIP) assay, capable of analyzing protein–DNA interactions in vivo. Among the emerging global approaches are ChIP cloning, ChIP display, differential chromatin scanning, ChIP–chip, DamID chromatin profiling, and chromatin array. These methods have been used to assess transcription-factor binding and (or) histone modification. This review describes these global methods and illustrates their potential in answering biological questions.Key words: ChIP, transcription factor binding, histone modification, ChIP display, differential chromatin scanning, ChIP-chip, DamID chromatin profiling, chromatin array.

Les interactions entre les protéines et l'ADN sont essentielles aux fonctions cellulaires. Le processus incrémental de développement d'approches globales afin d'étudier la chromatine a commencé par la caractérisation des composantes structurales de la chromatine in vitro et la modification de l'essai versatile d'immunoprécipitation de la chromatine (ChIP), capable d'analyser les interactions ADN–protéines in vivo. Parmi ces approches globales émergentes, on retrouve : le clonage par ChIP, le « ChIP display », le balayage différentiel de chromatine, le ChIP sur micropuces, le profilage de chromatine par DamID et le « chromatin array ». Ces méthodes ont été utilisées pour évaluer la liaison de facteurs de transcription et/ou la modification d'histones. Cette revue a pour objectif de décrire ces méthodes globales et de démontrer leur rôle et leur potentiel afin de répondre à certaines questions biologiques.Mots clés : ChIP, liaison de facteurs de transcription, modification d'histones, « ChIP display », balayage différentiel de chromatine, ChIP sur micropuces, profilage de chromatine par DamID, chromatin array.[Traduit par la Rédaction]
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Document Type: Research Article

Publication date: August 1, 2005

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