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Phenotypic correlations as substitutes to genetic correlations in dairy sheep and goats

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Summary A data set of n = 67 pairs of genetic and phenotypic correlation estimates for various milk traits, constructed from an exhaustive survey of published estimates in dairy sheep and goats, was used to test whether the phenotypic correlation () may be a suitable replacement of the genetic correlation (). Various criteria to assess the closeness of the two estimates were used: Pearson-, Spearman- and bootstrapped- correlations, paired sample -test and non-parametric tests. Correlations between paired genetic and phenotypic correlation estimates were generally found to be high (from 0.87 to 0.95) and not statistically different between the two species. Employment of a paired sample -test showed that the average difference between the genetic and phenotypic correlation estimates (d =  − ) was significantly (p < 0.05) different from zero only for dairy goats (d = 0.11). Comparisons of correlation estimates either after employment of Fisher's transformation or of a non-parametric test (Kruskall–Wallis) showed that there was statistically no significant difference (p < 0.05) between the two estimates. The main sources of variation for pooled (sheep and goat) d were the year of publication, the method of estimation and the heritabilities of the traits. Furthermore, differences between the two estimates were caused by sampling errors of the genetic correlations. Although average reported standard errors of genetic correlations were found to be about 30% higher than the theoretically expected correlations, the difference between the two errors was not statistically significant (p < 0.05). A simulation study of two correlated traits displaying heritabilities, genetic, environmental and phenotypic correlations equal to the average literature estimates was also performed to investigate the effects of using instead of on the direct and indirect true selection responses and on the accuracy of the breeding values. Based on the results of the descriptive and simulation analysis for the species, traits and correlation structure examined here, phenotypic correlations may be substituted for genetic correlations when the latter are unavailable or are not precisely estimated.

German
Zusammenfassung Phänotypische Korrelationen als Ersatz für genetische Korrelationen bei Milchschafen und Milchziegen

An einem Datensatz von 67 Paaren von genetischen und phänotypischen Korrelationsschätzwerten fór verschiedene Milchleistungsmerkmale, ermittelt aus einer umfassenden Erhebung publizierter Schätzwerte bei Milchschafen und Ziegen, wurde getestet, inwieweit die phänotypische Korrelation (r p) einen geeigneten Ersatz für die genetische Korrelation (r G) darstellen kann. Unterschiedliche Kriterien zur Einschätzung der Enge der Beziehung der beiden Schätzwerte wurden genutzt: Pearson-, Spearman- und Bootstrapp-Korrelationen, parallel wurden Stichproben t-Tests und nicht-parametrische Tests durchgeführt. Korrelationen zwischen parallel durchgeführten genetischen und phänotypischen Korrelationsschätzungen waren im allgemeinen hoch (von 0,87 bis 0,95) und statistisch nicht unterschiedlich zwischen den beiden Spezies. Die Anwendung eines paarweisen Stichproben t-Tests zeigte, dass die mittlere Differenz zwischen genetischen und phänotypischen Korrelationschätzwerten (d = r Gr p) signifikant (p < 0,05) verschieden von Null nur für die Milchziegen (d = 0,11) war. Der Vergleich von Korrelationsschätzungen entweder nach Anwendung der Fisher-Transformation oder eines nicht-parametrischen Tests (KRUSKALL-WALLIS) ergab statistisch keine signifikanten Unterschiede (p < 0,05) zwischen den beiden Schätzwerten. Hauptquellen von Variation fór gepoolte (Schaf und Ziege) d waren das Jahr der Publikation, die Schätzmethode sowie die Heritabilitäten der Merkmale. Darüber hinaus waren Unterschiede zwischen den beiden Schätzungen Stichprobenfehlern der genetischen Korrelationen zuzuschreiben. Obgleich der berichtete mittlere Standardfehler von genetischen Korrelationen etwa 30% höher eingeschätzt wurde als die theoretisch zu erwartenden Korrelationen, war der Unterschied zwischen beiden Fehlern statistisch nicht signifikant (p < 0,05). Eine Simulationsstudie zweier korrelierter Merkmale, die Heritabilitäten, genetische, umweltbedingte und phänotypische Korrelationen in gleichen Größen zu mittleren Literaturschätzwerten zeigte, wurde ebenso durchgeführt, um die Effekte einer Substitution von r p durch r G auf direkte und indirekte Selektionsauswirkungen und auf die Genauigkeit der Zuchtwerte zu ermitteln. Basierend auf den Resultaten der deskriptiven und simulierten Analyse der hier beschriebenen Merkmale und Korrelationsstrukturen beider Spezies, können phänotypische Korrelationen durch genetische Korrelationen ersetzt werden, wenn genetische Korrelationen nicht erhältlich oder nicht genauestens bestimmt sind.
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Document Type: Research Article

Affiliations: Department of Animal Breeding and Husbandry, Faculty of Animal Science, Agricultural University of Athens, Iera Odos, Greece

Publication date: August 1, 2003

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