Study on correlation of signal molecule genes and their receptor-associated genes with rat liver regeneration

Authors: Xu, Cun-Shuan; Shao, Heng-Yi; Du, Bin

Source: Genome, Volume 52, Number 6, June 2009 , pp. 505-523(19)

Publisher: NRC Research Press

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Abstract:

To investigate the effect of signal molecules and their receptor-associated genes on rat liver regeneration (LR) at the transcriptional level, the associated genes were originally obtained by retrieving the databases and related scientific publications; their expression profiles in rat LR were then checked using the Rat Genome 230 2.0 microarray. The LR-associated genes were identified by comparing gene expression difference between partial hepatectomy groups and operation-control groups. A total of 454 genes were proved to be LR related. The genes associated with the seven kinds of signal molecules (steroid hormones, fatty acid derivatives, protein and polypeptide hormones, amino acids and their derivatives, choline, cytokines, and gas signal molecules) were detected to be enriched in a cluster characterized by upregulated expression in LR. The number of genes related to the seven kinds of signal molecules was, in sequence, 63, 27, 100, 102, 16, 166, and 18. The 1027 frequencies of upregulation and 823 frequencies of downregulation in total as well as 42 types of different expression patterns suggest the complex and diverse gene expression changes in LR. It is presumed that signal molecules played an important role in metabolism, inflammation, cell proliferation, growth and differentiation, etc., during rat LR.

Les auteurs ont étudié les effets de molécules-signaux et des gènes associés aux récepteurs de ces molécules sur la régénération du foie au niveau de transcription chez le rat. Les gènes associés aux récepteurs ont été obtenus à partir des banques de données et des publications scientifiques s’y rattachant. Les profils d’expression de ces gènes au cours de la régénération du foie ont été examinés à l’aide de la puce Rat Genome 230 2.0. Les gènes dont l’expression était modifiée au cours de la régénération ont été identifiés en comparant l’expression chez des groupes d’individus ayant subi une hépatectomie partielle ou une opération contrôle. Au total, 454 gènes ont été modulés en réponse à la régénération du foie. Les gènes associés aux sept types de molécules-signaux (hormones stéroïdiennes, dérivés d’acides gras, hormones protéiques et polypeptidiques, acides aminés et leurs dérivés, choline, cytokines et molécules-signaux gazeuses) étaient enrichis au sein des groupes de gènes surexprimés lors de la régénération du foie. Le nombre de gènes associés aux sept types de molécules-signaux était respectivement : 63, 27, 100, 102, 16, 166 et 18. Les 1 027 cas de surexpression et les 823 cas de sous-expression de même que les 42 types de motifs d’expression fournissent une idée de la complexité et de la diversité des changements d’expression génique qui surviennent lors de la régénération du foie. Il est présumé que les molécules-signaux jouent un rôle important dans le métabolisme, l’inflammation, la prolifération cellulaire, la croissance, la différenciation, etc., au cours de la régénération du foie.

Document Type: Research Article

Publication date: June 1, 2009

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