Authors: Civáň, P.; Švec, M.

Source: Genome, Volume 52, Number 3, March 2009 , pp. 294-297(4)

Publisher: NRC Research Press

Abstract:

The TATA box is one of the best characterized transcription factor binding sites. However, it is not a ubiquitous element of core promoters, and other sequence motifs such as Y Patches seem to play a major role in plants. Here, we present a first genome-wide computational analysis of the TATA box and Y Patch distribution in rice (Oryza sativa L. subsp. japonica) promoter sequences. Utilizing a probabilistic sequence model, we ascertain that only ~19% of rice genes possess the TATA box, but ~50% contain one or more Y Patches in their core promoters. By computational processing of identified elements, we generated extended TATA box and Y Patch nucleotide frequency matrices capable of predicting these motifs in plants with a high degree of confidence.

La boîte TATA est l'un des sites de liaison de facteurs de transcription les mieux caractérisés. Elle ne constitue cependant pas un élément ubiquiste chez les promoteurs de base, et d'autres motifs comme les motifs Y semblent jouer un rôle important chez les plantes. Ici, les auteurs présentent une première analyse bio-informatique à l'échelle du génome entier de la distribution des boîtes TATA et des motifs Y au sein des promoteurs chez le riz (Oryza sativa L. subsp. japonica). Au moyen d'un modèle probabiliste, les auteurs concluent que seuls ~19 % des gènes chez le riz présentent une boîte TATA alors qu'environ 50 % présentent un ou plus d'un motif Y au sein de leur promoteur de base. Par analyse bio-informatique des éléments identifiés, les auteurs ont produit des matrices de fréquence nucléotidique des boîtes TATA et des motifs Y qui permettent de prédire ces motifs chez les plantes avec un haut degré de confiance.

Document Type: Research article

Publication date: 2009-03-01

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