Authors: Xiang, Daoquan; Datla, Raju; Li, Fengling; Cutler, Adrian; Malik, Meghna R.; Krochko, Joan E.; Sharma, Nirmala; Fobert, Pierre; Georges, Fawzy; Selvaraj, Gopalan; Tsang, Ed; Klassen, Darrin; Koh, Chushin; Deneault, Jean-Sebastien; Nantel, Andre; Nowak, Jacek; Keller, Wilf; Bekkaoui, Faouzi

Source: Genome, Volume 51, Number 3, March 2008 , pp. 236-242(7)

Publisher: NRC Research Press

Abstract:

Brassica species represent several important crops including canola (Brassica napus). Understanding of genetic elements that contribute to seed-associated functions will impact future improvements in the canola crop. Brassica species share a very close taxonomic and molecular relationship with Arabidopsis thaliana. However, there are several subtle but distinct seed-associated agronomic characteristics that differ among the oil seed crop species. To address these, we have generated 67 535 ESTs predominately from Brassica seeds, analyzed these sequences, and identified 10 642 unigenes for the preparation of a targeted seed cDNA array. A set of 10 642 PCR primer pairs was designed and corresponding amplicons were produced for spotting, along with relevant controls. Critical quality control tests produced satisfactory results for use of this microarray in biological experiments. The microarray was also tested with specific RNA targets from embryos, germinating seeds, and leaf tissues. The hybridizations, signal intensities, and overall quality of these slides were consistent and reproducible. Additionally, there are 429 ESTs represented on the array that show no homology with any A. thaliana annotated gene or any gene in the Brassica genome databases or other plant databases; however, all of these probes hybridized to B. napus transcripts, indicating that the array also will be useful in defining expression patterns for genes so far unique to Brassica species.

Les espèces du genre Brassica comptent plusieurs espèces cultivées importantes telles le colza (Brassica napus). Une connaissance moléculaire des composantes génétiques qui contribuent aux fonctions de la graine sera déterminante pour de futurs travaux d'amélioration du colza. Les espèces du genre Brassica sont très proches aux plans taxonomiques et moléculaires de l'Arabidopsis thaliana. Il existe cependant de nombreuses différences subtiles mais distinctives quant aux caractéristiques agronomiques des graines qui différencient les diverses espèces oléagineuses. Pour s'attaquer à celles-ci, les auteurs ont généré 67 535 EST provenant majoritairement des graines d'espèces de Brassica. Ces séquences ont été analysées et 10 642 unigènes ont été identifiés pour la préparation d'une puce d'ADNc ciblée. Au total, 10 642 paires d'amorces PCR ont été synthétisées et les amplicons correspondants ont été produits pour impression avec des témoins utiles. Des tests de contrôle de la qualité ont produit des résultats satisfaisants en vue de l'emploi de cette puce. La puce a également été testée avec des ARN cibles spécifiques provenant d'embryons, de graines en germination et de tissus foliaires. Les hybridations, les intensités des signaux et la qualité globale de ces lames étaient stables et reproductibles. De plus, 429 EST représentés sur la puce ne montraient aucune homologie aux gènes annotés de l'A. thaliana ou aux séquences connues des génomes du genre Brassica ou d'autres génomes végétaux. Malgré cela, toutes ces sondes ont hybridé avec les transcrits du B. napus, ce qui suggère que cette puce rendra possible l'étude de l'expression de gènes jusqu'ici uniques aux espèces du genre Brassica.

Document Type: Research article

Publication date: 2008-03-01

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