Authors: Zhao, Jianjun; Paulo, Maria-João; Jamar, Diaan; Lou, Ping; van Eeuwijk, Fred; Bonnema, Guusje; Vreugdenhil, Dick; Koornneef, Maarten

Source: Genome, Volume 50, Number 10, October 2007 , pp. 963-973(11)

Publisher: NRC Research Press

Abstract:

Association mapping was used to investigate the genetic basis of variation within Brassica rapa, which is an important vegetable and oil crop. We analyzed the variation of phytate and phosphate levels in seeds and leaves and additional developmental and morphological traits in a set of diverse B. rapa accessions and tested association of these traits with AFLP markers. The analysis of population structure revealed four subgroups in the population. Trait values differed between these subgroups, thus defining associations between population structure and trait values, even for traits such as phytate and phosphate levels. Marker-trait associations were investigated both with and without taking population structure into account. One hundred and seventy markers were found to be associated with the observed traits without correction for population structure. Association analysis with correction for population structure led to the identification of 27 markers, 6 of which had known map positions; 3 of these were confirmed in additional QTL mapping studies.

La cartographie par association a été employée pour examiner les bases génétiques de la variation chez le Brassica rapa, une importante espèce potagère et oléagineuse. Les auteurs ont analysé la variation pour le contenu en acide phytique et en phosphore dans les graines et les feuilles de même que d'autres caractères morphologiques ou liés au développement chez une collection d'accessions variées du B. rapa. L'association entre ces caractères et des marqueurs AFLP a ensuite été testée. L'analyse de la structure de la population a révélé l'existence de quatre sous-groupes au sein de celle-ci. Les valeurs pour les caractères à l'étude différaient d'un groupe à l'autre indiquant la présence d'association entre la structure de la population et les caractères, même pour des caractères tels que le contenu en acide phtyique et en phosphore. Les associations entre caractères et marqueurs ont été examinées en faisant abstraction ou non de la structure de la population. Cent soixante-dix marqueurs ont présenté une association avec les caractères observés sans correction pour la structure de la population. Une analyse tenant compte de la structure de la population a permis d'identifier 27 marqueurs, 6 desquels avaient été placés sur une carte génétique et dont 3 ont été confirmés grâce à d'autres études de cartographie QTL.

Document Type: Research article

Publication date: 2007-10-01

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