Authors: Nagy, István; Stágel, Anikó; Sasvári, Zsuzsanna; Röder, Marion; Ganal, Martin

Source: Genome, Volume 50, Number 7, July 2007 , pp. 668-688(21)

Publisher: NRC Research Press

Abstract:

A novel set of informative microsatellite markers for pepper (Capsicum annuum L.) is provided. Screening of approximately 168000 genomic clones and 23174 public database entries resulted in a total of 411 microsatellite-containing sequences that could be used for primer design and functional testing. A set of 154 microsatellite markers originated from short-insert genomic libraries and 257 markers originated from database sequences. Of those markers, 147 (61 from genomic libraries and 86 from database sequences) showed specific and scoreable amplification products and detected polymorphisms between at least 2 of the 33 lines of a test panel consisting of cultivated and wild Capsicum genotypes. These informative markers were subsequently surveyed for allelic variation and information content. The usefulness of the new markers for diversity and taxonomic studies was demonstrated by the construction of consistent phylogenetic trees based on the microsatellite polymorphisms. Conservation of a subset of microsatellite loci in pepper, tomato, and potato was proven by cross-species amplification and sequence comparisons. For several informative pepper microsatellite markers, homologous expressed sequence tag (EST) counterparts could be identified in these related species that also carry microsatellite motifs. Such orthologs can potentially be used as reference markers and common anchoring points on the genetic maps of different solanaceous species.

Une nouvelle collection de microsatellites informatifs chez le poivron (Capsicum annuum L.) est décrite. Le criblage d'environ 168 000 clones génomiques et 23 174 entrées dans les banques de données publiques a permis d'identifier 411 séquences contenant des microsatellites, de concevoir des amorces et de tester leur fonctionnement. Un jeu de 154 marqueurs microsatellites a été dérivé de banques génomiques à inserts de petite taille alors que 257 ont été obtenus de la banque de données. De ce nombre, 147 marqueurs (61 des banques génomiques et 86 des banques de données) ont produit des amplicons spécifiques et lisibles et ont permis de détecter du polymorphisme entre au moins deux d'un panel de 33 lignées comprenant des génotypes cultivés et sauvages du genre Capsicum. L'utilité de ces nouveaux marqueurs pour des études de diversité et de taxonomie a été démontrée en produisant des arbres phylogénétiques concordants basés sur le polymorphisme des microsatellites. La conservation d'un sous-ensemble des locus microsatellite chez le poivron, la tomate et la pomme de terre a été montrée par amplification interspécifique et la comparaison des séquences. Pour plusieurs microsatellites informatifs du poivron, des étiquettes de séquence exprimée (« EST ») homologues comprenant des microsatellites ont été identifiées chez ces espèces apparentées. De tels orthologues peuvent potentiellement servir de marqueurs de référence et de points d'ancrage sur les cartes génétiques des différentes espèces de solanacées.

Document Type: Research article

Publication date: 2007-07-01

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