Authors: Fernández, C.; Hermida, M.; Vázquez-López, A.; Pérez, M.; Presa, P.; Calaza, M.; Alvarez-Dios, J.A.; Comesaña, A.S.; Raposo-Guillán, J.; Bouza, C.; Martínez, P.; Pardo, B.G.

Source: Genome, Volume 50, Number 3, March 2007 , pp. 329-332(4)

Publisher: NRC Research Press

Abstract:

The turbot is a flatfish species of great relevance to marine aquaculture in Europe. Only a limited number of microsatellites have been isolated to date in this species. To increase the number of potentially useful mapping markers, we screened simple sequence repeat (SSR)- enriched genomic libraries obtained from several di-, tri-, and tetranucleotide tandem repeat motifs. A total of 248 new polymorphic microsatellites were successfully optimized. The efficiency of the protocol applied (6.4%) was higher than that in other studies of fish that used the same method. Dinucleotide and perfect microsatellites were predominant in this species; the (AC)_n motif was the most frequent class of repeat. Polymorphism and structural properties at these loci, together with 30 variable loci previously reported in turbot, were evaluated in 6 wild individuals. The number of alleles per locus ranged from 2 to 10, with an average of 4.046. The microsatellite markers characterized in this study will contribute to the development of the turbot genetic map, which can be used for quantitative trait locus (QTL) identification, marker-assisted selection programs, and other applications to improve its culture.

Le turbot est une espèce de poisson plat d'une grande importance en pisciculture marine en Europe. Seul un nombre limité de microsatellites a été isolé chez cette espèce. Afin d'augmenter le nombre de marqueurs potentiellement utiles en cartographie, les auteurs ont criblé des banques génomiques enrichies en séquences SSR obtenues à l'aide de plusieurs motifs répétés en tandem di-, tri- et tétranucléotidiques. Au total, 248 nouveaux microsatellites polymorphes ont été optimisés avec succès. L'efficacité du protocole employé (6,4 %) était supérieure à l'efficacité rapportée chez d'autres espèces de poissons à l'aide de la même méthode. Les microsatellites parfaits et dinucléotidiques prédominaient chez cette espèce, le motif (AC)_n étant le plus fréquent. Le polymorphisme et les propriétés structurales à ces locus ainsi qu'à 30 locus variables déjà rapportés chez le turbot ont été évalués chez six individus sauvages. Le nombre d'allèles par locus variait entre 2 et 10, pour une moyenne de 4046. Les marqueurs microsatellites caractérisés au cours du présent travail contribueront au développement d'une carte génétique chez le turbot afin d'identifier des QTL, de pratiquer la sélection assistée et d'autres applications pour en améliorer l'élevage.

Document Type: Research article

Publication date: 2007-03-01

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