Authors: Soriano José M.; Romero Carlos; Vilanova Santiago; Llácer Gerardo; Badenes María L.u.i.s.a.

Source: Genome, Volume 48, Number 1, February 2005 , pp. 108-114(7)

Publisher: NRC Research Press

Abstract:

Genetic relationships among 40 loquat (Eriobotrya japonica (Thunb) Lindl) accessions that originated from different countries and that are part of the germplasm collection of the Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias (IVIA) (Valencia, Spain) were evaluated using microsatellites. Thirty primer pairs flanking microsatellites previously identified in Malus × domestica (Borkh.) were assayed. Thirteen of them amplified polymorphic products and unambiguously distinguished 34 genotypes from the 40 accessions analyzed. Six accessions showing identical marker patterns were Spanish local varieties thought to have been derived from 'Algerie' by a mutational process very common in loquat species. A total of 39 alleles were detected in the population studied, with a mean value of 2.4 alleles per locus. The expected and observed heterozygosities were 0.46 and 51% on average, respectively, leading to a negative value of the Wright's fixation index (–0.20). The values of these parameters indicate a smaller degree of genetic diversity in the set of loquat accessions analyzed than in other members of the Rosaceae family. Unweighted pair-group method (UPGMA) cluster analysis, based on Nei's genetic distance, generally grouped genotypes according to their geographic origins and pedigrees. The high number of alleles and the high expected heterozygosity detected with SSR markers developed in Malus × domestica (Borkh.) make them a suitable tool for loquat cultivar identification, confirming microsatellite marker transportability among genera in the Rosaceae family.Key words: Eriobotrya japonica, SSR markers, microsatellites, genetic diversity.

Les relations génétiques au sein d'un groupe de quarante accessions du néflier du Japon (Eriobotrya japonica (Thunb) Lindl), provenant de différents pays et conservés à l'Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias (IVIA) (Valencia, Espagne), ont été évaluées à l'aide de microsatellites. Trente paires d'amorces bordant des microsatellites identifiés antérieurement chez le Malus × domestica (Borkh.) ont été testées. Treize de celles-ci ont permis d'amplifier des produits polymorphes et de différencier clairement 34 des génotypes parmi les 40 accessions examinées. Six accessions affichant le même haplotype étaient des variétés locales espagnoles qu'on croit dérivées de la variété 'Algérie' par suite d'un processus de mutation, lequel est très commun chez le néflier. Au total, 39 allèles ont été détectés au sein de la population étudiée pour une moyenne de 2,4 allèles par locus. Les niveaux d'hétérozygotie attendus et observés étaient respectivement de 0,46 et 51 % en moyenne, ce qui produit une valeur négative pour l'indice de fixation de Wright (–0,20). Les valeurs de ces paramètres indiquent une faible diversité génétique au sein de la collection d'accessions analysées par rapport à ce qui a été observé chez d'autres rosacées. Des analyses de groupement UPGMA, basées sur la distance génétique de Nei, ont permis de grouper les génotypes en fonction de leur origine géographique et de leur pedigree. Le grand nombre d'allèles et la valeur élevée pour l'hétérozygotie attendue détectés à l'aide de microsatellites provenant du Malus × domestica (Borkh.) en font un bon outil pour l'identification variétale chez le néflier du Japon et confirment la possibilité d'employer les mêmes microsatellites chez plusieurs espèces au sein des rosacées.Mots clés : Eriobatrya japonica, microsatellites, diversité génétique.[Traduit par la Rédaction]

Document Type: Research article

Publication date: 2005-02-01

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