Novel genes are enriched in normalized cDNA libraries from drought-stressed seedlings of rice (Oryza sativa L. subsp. indica cv. Nagina 22)

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Abstract:

We have utilized an efficient method to enrich cDNA libraries for novel genes and genes responsive to drought stress in rice (Oryza sativa L. subsp. indica). We separately constructed standard and normalized cDNA libraries from leaf tissue of rice seedlings grown under controlled drought stress. Sequencing from the 3' end was performed on 1000 clones from the normalized leaf cDNA library and 200 clones from the standard leaf cDNA library. For the first 200 clones, the clone redundancy in the non-normalized library was about 10%, compared with 3.5% in the normalized cDNA library. Comparison of these cDNAs with the sequences in public databases revealed that 28.2% of the expressed sequence tags (ESTs) from the normalized library were novel. Clones from the standard and normalized leaf libraries and a root library uncovered numerous cDNAs that are highly homologous to known drought-responsive genes including those that encode metallothioneins, late embroyonic abundant (LEA) proteins, heat-shock proteins, cytochrome P450 enzymes, catalases, peroxidases, kinases, phosphatases, and transcription factors.Key words: Oryza sativa L., drought tolerance, normalization, ESTs, redundancy, cDNA library.

Les auteurs ont employé une méthode efficace pour enrichir des banques d'ADNc en gènes non encore décrits et en gènes dont l'expression est affectée par un stress hydrique chez le riz (Oryza sativa L. subsp. indica). Les auteurs ont préparé des banques d'ADNc standard et normalisée à partir de tissus foliaires de plantules de riz cultivées en conditions de déficit hydrique. Le séquençage de l'extrémité 3' a été réalisé sur 1000 clones de la banque normalisée et sur 200 clones de la banque standard. Pour les 200 premiers clones, la redondance était d'environ 10 % chez la banque standard et de 3,5 % pour la banque normalisée. Une comparaison de ces ADNc avec les séquences disponibles dans les bases de données publiques a révélé que 28,2 % des étiquettes de séquences exprimées (EST) de la banque normalisée n'avaient pas encore été décrits. Des clones des banques normalisée et standard ainsi que des clones d'une banque racinaire ont montré une forte homologie avec des gènes connus comme étant régulés par le stress hydrique dont des gènes codant pour des métallothionéines, des protéines abondantes dans l'embryon mature (LEA), des protéines de choc thermique, des cytochromes P450, des catalases, des péroxydases, des kinases, des phosphatases et des facteurs de transcription.Mots clés : Oryza sativa L., tolérance à la sécheresse, normalisation, EST, redondance, banque d'ADNc.[Traduit par la Rédaction]

Keywords: Oryza sativa L

Document Type: Research Article

Publication date: February 1, 2002

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