Undermethylated DNA as a source of microsatellites from a conifer genome

$50.00 plus tax (Refund Policy)

Buy Article:

Abstract:

Developing microsatellites from the large, highly duplicated conifer genome requires special tools. To improve the efficiency of developing Pinus taeda L. microsatellites, undermethylated (UM) DNA fragments were used to construct a microsatellite-enriched copy library. A methylation-sensitive restriction enzyme, McrBC, was used to enrich for UM DNA before library construction. Digested DNA fragments larger than 9 kb were then excised and digested with RsaI and used to construct nine dinucleotide and trinucleotide libraries. A total of 1016 microsatellite-positive clones were detected among 11 904 clones and 620 of these were unique. Of 245 primer sets that produced a PCR product, 113 could be developed as UM microsatellite markers and 70 were polymorphic. Inheritance and marker informativeness were tested for a random sample of 36 polymorphic markers using a three-generation outbred pedigree. Thirty-one microsatellites (86%) had single-locus inheritance despite the highly duplicated nature of the P. taeda genome. Nineteen UM microsatellites had highly informative intercross mating type configurations. Allele number and frequency were estimated for eleven UM microsatellites using a population survey. Allele numbers for these UM microsatellites ranged from 3 to 12 with an average of 5.7 alleles/locus. Frequencies for the 63 alleles were mostly in the low–common range; only 14 of the 63 were in the rare allele (q < 0.05) class. Enriching for UM DNA was an efficient method for developing polymorphic microsatellites from a large plant genome.Key words: hypomethylation, simple-sequence repeats, repetitive DNA, Pinus taeda L., gymnosperms.

Le développement de marqueurs microsatellites chez les conifères, des espèces dont les génomes présentent un haut niveau de duplication, nécessite des outils spéciaux. Afin d'accroître l'efficacité du développement de marqueurs microsatellites chez le Pinus taeda L., des fragments d'ADN hypométhylé (UM) ont été employés pour produire une banque enrichie en microsatellites. Une enzyme de restriction sensible à la méthylation, McrBC, a été utilisée pour favoriser l'enrichissement en séquences UM en préparation à la construction d'une banque génomique. Les fragments d'ADN plus grands que 9 kb ont été excisés puis digérés avec RsaI et ensuite utilisés pour construire neuf banques de séquences dinucléptidiques et trinucléotidiques. Au total, 1016 clones contenant un microsatellite ont été détectés parmi 11 904 clones et 620 de ceux-ci étaient uniques. Des 245 paires d'amorces qui ont produit un amplicon, 113 ont pu être développées comme marqueurs microsatellites UM et 70 d'entre eux étaient polymorphes. L'hérédité et l'informativité des marqueurs a été examinée pour un sous-ensemble de 36 marqueurs polymorphes à l'aide d'une population à fécondation croisée de pedigree connu sur trois générations. Trente et un microsatellites (86 %) montraient une hérédité monogénique malgré le haut niveau de duplication du génome du P. taeda. Dix-neuf microsatellites UM présentaient des configurations très informatives dans le contexte d'une population inter-croisée. Le nombre et la fréquence des allèles ont été estimés au sein d'une population pour 11 des microsatellites UM. Le nombre d'allèles pour ces microsatellites UM variait entre trois et douze pour une moyenne de 5,7 allèles par locus. La fréquence allélique de ces 63 allèles était généralement faible à élevée; seuls 14 des 63 allèles étaient rares (q < 0,05). L'enrichissement en ADN hypométhylé s'est donc avéré une méthode efficace pour développer des microsatellites polymorphes chez un génome végétal de grande taille.Mots clés : hypométhylation, microsatellites, ADN répétitif, Pinus taeda L., gymnospermes.[Traduit par la Rédaction]

Keywords: ADN répétitif; Pinus taeda L; hypomethylation; hypométhylation; microsatellites; repetitive DNA; simple-sequence repeats

Document Type: Research Article

Publication date: February 1, 2002

More about this publication?
  • From its inception in 1957, this international cytogenetics journal has catered to the research areas of the members of the Genetics Society of Canada; traditionally, these have included agriculture, entomology, genetics/cytogenetics, and evolutionary mechanisms. The contents of the journal have evolved as contributors developed new technologies and interests. A 20-member Editorial Board is composed of scientists from around the world. Reviews and commentary from respected experts are often featured.
  • Information for Authors
  • Submit a Paper
  • Subscribe to this Title
  • Terms & Conditions
  • Sample Issue
  • Reprints & Permissions
  • ingentaconnect is not responsible for the content or availability of external websites
Related content

Tools

Favourites

Share Content

Access Key

Free Content
Free content
New Content
New content
Open Access Content
Open access content
Subscribed Content
Subscribed content
Free Trial Content
Free trial content
Cookie Policy
X
Cookie Policy
ingentaconnect website makes use of cookies so as to keep track of data that you have filled in. I am Happy with this Find out more