RAPD markers as predictors of infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus (IHHNV) resistance in shrimp (Litopenaeus stylirostris)

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Abstract:

Random amplified polymorphic DNA (RAPD) fingerprints of two shrimp populations (Litopenaeus stylirostris) were compared to find genetic marker(s) that may be associated with infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus (IHHNV) resistance or susceptibility. Of the 100 10-mer random primers and 100 intersimple-sequence repeat (ISSR) primers screened, five provided markers specific to the Super Shrimp population and three provided markers specific to the wild caught population. The two populations were further characterized for relative viral load (reported as cycle threshold, C T) using real-time quantitative PCR with primers specific to the IHHNV genome. The β-actin gene was amplified to serve as a control for normalization of the IHHNV viral load. The mean viral load was significantly lower (C T = 34.58; equivalent to 3.3 × 101 copies of IHHNV genome/ng DNA) in Super Shrimp than in the wild caught population (C T = 23.49; equivalent to 4.2 × 104 copies/ng DNA; P < 0.001; C T values are inversely related to viral load). A preliminary prediction model was created with Classification and Regression Tree (CART) software (Salford Systems, San Diego, Calif.), where the resultant decision tree uses the presence or absence of seven RAPD markers as predictors of the relative viral load.Key words: RAPD, quantitative PCR, Litopenaeus stylirostris, shrimp, genetic markers.

Les profils RAPD de deux populations de crevettes (Litopenaeus stylirostris) ont été comparés afin d'identifier des marqueurs génétiques potentiellement liés à la résistance ou à la susceptibilité au virus IHHNV (« infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus »). Des 100 amorces décanucléotidiques aléatoires et des 100 amorces inter-microsatellite (ISSR) criblées, cinq amorces ont produit des marqueurs spécifiques de la population 'Super Shrimp' et trois amorces ont donné des marqueurs spécifiques de la population sauvage capturée. Les deux populations ont été caractérisées pour le titre viral (rapporté comme le cycle seuil, C T) à l'aide de la PCR quantitative en temps réel au moyen d'amorces spécifiques pour le génome du IHHNV. Le gène codant pour l'actine β a été employé à titre de contrôle pour les fins de normalisation du titre viral. Le titre viral moyen était significativement plus faible (C T = 34,58, soit l'équivalent de 3,3 × 101 copies du génome IHHNV/ng d'ADN) chez la population Super Shrimp que chez la population sauvage (C T = 23,49, soit l'équivalent de 4,2 × 104 copies/ng d'ADN; P < 0,001; les valeurs C T étant en relation inverse par rapport au titre viral). Un modèle de prédiction préliminaire a été créé avec le logiciel CART (« Classification and Regression Tree »; Salford Systems, San Diego, Calif.) où l'arbre décisionnel qui est produit exploite l'information sur la présence ou l'absence des sept marqueurs RAPD pour prédire le titre viral.Mots clés : RAPD, PCR quantitative, Litopenaeus stylirostris, crevette, marqueurs génétiques.[Traduit par la Rédaction]

Keywords: Litopenaeus stylirostris; PCR quantitative; RAPD; crevette; genetic markers; marqueurs génétiques; quantitative PCR; shrimp

Document Type: Research Article

Publication date: February 1, 2002

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