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Abstract:

The soybean cyst nematode (SCN), Heterodera glycines Ichinohe, is the foremost pest of soybean (Glycine max L. Merr.). The rhg₁ allele on linkage group (LG) G and the Rhg₄ allele on LG A2 are important in conditioning resistance. Markers closely linked to the Rhg₄ locus were used previously to screen a library of bacterial artificial chromosome (BAC) clones from susceptible 'Williams 82' and identified a single 150-kb BAC, Gm_ISb001_056_G02 (56G2). End-sequenced subclones positioned onto a restriction map provided landmarks for identifying the corresponding region from a BAC library from accession PI 437654 with broad resistance to SCN. Seventy-three PI 437654 BACs were assigned to contigs based upon HindIII restriction fragment profiles. Four contigs represented the PI 437654 counterpart of the 'Williams 82' BAC, with PCR assays connecting these contigs. Some of the markers on the PI 437654 contigs are separated by a greater physical distance than in the 'Williams 82' BAC and some primers amplify bands from BACs in the mid-portion of the connected PI 437654 BAC contigs that are not amplified from the 'Williams 82' BAC. These observations suggest that there is an insertion in the PI 437654 genome relative to the 'Williams 82' genome in the Rhg₄ region.Key words: BAC, deletion, insertion, resistance gene, soybean cyst nematode.

Le nématode à kystes des racines du soja (SCN), Heterodera glycines Ichinohe, est le principal ravageur du soja (Glycine max L. Merr.). L'allèle rhg₁ sur le groupe de liaison G et l'allèle Rhg₄ sur le groupe de liaison A2 contribuent de façon importante à la résistance. Des marqueurs étroitement liés au locus Rhg₄ avaient été employés précédemment pour cribler une banque de clones BAC (chromosomes bactériens artificiels) préparée à partir du cultivar sensible 'Williams 82' et avaient permis d'identifier un seul BAC de 150 kb, Gm_Isb001_056_G02 (56G2). Des sous-clones provenant des extrémités séquencées ont été placés sur une carte et ont ainsi fourni des repères pour identifier la région correspondante dans une banque de clones BAC préparée à partir de l'ADN de l'accession PI 437654, une lignée qui présente une large résistance face au SCN. Soixante-treize clones BAC parmi la banque PI 437654 ont été assemblés en contigs sur la base de leur profil de restriction à l'aide de l'enzyme HindIII. Quatre contigs PI 437654 représentaient l'équivalent du BAC provenant de Williams 82 et des analyses PCR permettaient de relier ces contigs. La distance physique entre certains des marqueurs situés sur les contigs PI 437654 était plus grande qu'entre ces mêmes marqueurs chez le clone issu de Williams 82. De plus, certaines amorces produisaient des amplicons à partir de BAC situés au centre des contigs PI 437654 qui étaient liés, mais ces mêmes amorces n'amplifiaient pas une région correspondante chez le clone BAC de Williams 82. Ces observations suggèrent qu'il y a une insertion dans la région de Rhg₄ chez génome du PI 437654 par rapport au génome de 'Williams 82'.Mots clés : BAC, délétion, insertion, gène de résistance, nématode à kystes des racines du soja.[Traduit par la Rédaction]

Physical mapping of resistant and susceptible soybean genomes near the soybean cyst nematode resistance gene Rhg4

Physical mapping of resistant and susceptible soybean genomes near the soybean cyst nematode resistance gene Rhg₄