Genome and genomics of schistosomes

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Schistosomes infect over 200 million people and 600 million are at risk. Genomics and post-genomic studies of schistosomes will contribute greatly to developing new reagents for diagnostic purposes and new vaccines that are of interest to the biotechnology industry. In this review, the most recent advances in these fields as well as new projects and future perspectives will de described. A vast quantity of data is publicly available, including short cDNA and genomic sequences, complete large genomic fragments, and the mitochondrial genomes of three species of the genus Schistosoma. The physical structure of the genome is being studied by physically mapping large genomic fragments and characterizing the highly abundant repetitive DNA elements. Bioinformatic manipulations of the data have already been carried out, mostly dealing with the functional analysis of the genes described. Specific search tools have also been developed. Sequence variability has been used to better understand the phylogeny of the species and for population studies, and new polymorphic genomic markers are currently being developed. The information generated has been used for the development of post-genomic projects. A small microarray detected genes that were differentially expressed between male and female worms. The identification of two-dimensional spots by mass spectrometry has also been demonstrated.

Deux cent millions de personnes sont infectées par les schistosomes et 600 millions sont à risque. Les études des schistosomes en génomique et en postgénomique vont contribuer de façon significative à l'élaboration de nouveaux réactifs diagnostiques et de vaccins qui intéresseront l'industrie de la biotechnologie. Notre synthèse décrit les plus récentes percées dans ces domaines, les projets innovateurs et les perspectives futures. Des quantités considérables de données, soit de courtes séquences d'ADNc et du génome, de grands fragments génomiques entiers et les génomes mitochondriaux complets de trois espèces de la genre Schistosoma sont disponibles dans le domaine public. La cartographie physique de grands fragments du génome et la caractérisation des éléments répétitifs très nombreux de l'ADN permettent de décrire la structure physique du génome. Des manipulations des données faites par bioinformatique ont servi à l'analyse fonctionnelle des gènes décrits. Des outils exploratoires ont aussi été développés. La variabilité des séquences a permis de mieux comprendre la phylogénie des espèces et elle a été utilisée dans des études démographiques. De nouveaux marqueurs génomiques polymorphes sont actuellement en voie de développement. Ces informations ont servi à la mise au point de projets de postgénomique. L'utilisation de puces d'ADN a servi à reconnaître des gènes dont l'expression est différente chez les vers mâles et femelles. La spectroscopie de masse a aussi permis l'identification de points (spots) bidimensionnels.[Traduit par la Rédaction]

Document Type: Research Article

Publication date: February 1, 2004

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