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A method to improve confidence in paternity assignment in an open mating system

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Abstract:

Molecular techniques have allowed researchers studying mating systems to determine the identity of extra-pair sires, providing more accurate measures of individual realized reproductive success. Yet, an existing problem in such studies is the inability to assign paternity to individuals that have not been captured. This frequently arises when only a proportion of the population is sampled or when visitors from outside the study area have access to the breeding population. It is therefore difficult to assign paternity in situations where not all candidate sires are sampled because some assignments may be incorrect, especially when using a likelihood-based approach. This study outlines a method that combines two different programs, GERUD 1.0 and CERVUS 2.0, to increase confidence in paternity assignment. The benefit of using these programs in conjunction is that GERUD 1.0 can reconstruct genotypes of males that are not sampled in families where the female was sampled, and CERVUS 2.0 can use this information to better assign paternity because more information is provided. We show how applying this method to Least Flycatchers (Empidonax minimus), a sub-oscine bird with an open mating system, substantially increases confidence in paternity assignments.

Des techniques moléculaires ont permis aux chercheurs qui étudient les systèmes d'accouplement de déterminer l'identité des pères hors couple, ce qui fournit des mesures plus précises du succès reproducteur individuel réalisé. Néanmoins, un des problèmes dans de telles études est l'impossibilité d'attribuer la paternité à des individus qui n'ont pas été capturés. Une telle situation se produit lorsque seulement une partie de la population est échantillonnée ou lorsque des visiteurs provenant de l'extérieur de la zone d'étude ont accès à la population qui est en train de se reproduire. Il est ainsi difficile d'attribuer la paternité dans des situations où tous les pères possibles ne sont pas échantillonnés, car alors certaines attributions seront erronées, particulièrement si on utilise une méthode basée sur la vraisemblance. Nous avons mis au point une méthode qui combine deux logiciels, GERUD 1.0 et CERVUS 2.0, pour augmenter la confiance des attributions de paternité. L'avantage d'utiliser ces deux logiciels conjointement est que GERUD 1.0 peut reconstruire le génotype de mâles non échantillonnés dans les familles où la femelle a été échantillonnée et que CERVUS 2.0 peut utiliser cette information pour mieux attribuer la paternité, puisque plus de données sont disponibles. Nous montrons comment l'application de la méthode au moucherolle tchébec (Empidonax minimus), un oiseau suboscine à système d'accouplement ouvert, augmente de façon significative la fiabilité des attributions de paternité.[Traduit par la Rédaction]

Document Type: Research Article

Publication date: December 1, 2003

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nrc/cjz/2003/00000081/00000012/art00022
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