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A method for rapid isolation of total RNA of high purity and yield from Arthrospira platensis

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Abstract:

Arthrospira (Spirulina) platensis is widely used as a food supplement and has been an economically important species for centuries. However, the genetic aspect of studies of this particular organism has always been neglected, mainly because of the nonavailability of suitable methods for isolation of nucleic acids and the difficulties faced during further manipulations. Although total RNA has been isolated using commercially available kits, we present a method optimized to obtain DNA-free total RNA of higher yields and higher purity in less time than is required by other methods (<2 h). It involves hot phenol - chloroform - IAA extraction using an aqueous to organic phase ratio of 1:2 followed by lithium chloride precipitation and 70% ethanol wash. This method, optimized for the cyanobacterium Arthrospira (Spirulina) platensis, eliminates the need for DNase treatment and produces high-quality RNA, as validated by bioanalyzer, RT-PCR, and cloning. With the recent release of the Arthrospira genome, the current method will be of great value for carrying out high-throughput studies like microarray and real-time PCR.

Arthrospira (Spirulina) platensis est largement utilisée comme supplément alimentaire et s’est avérée une espèce économiquement importante depuis des siècles. Cependant, l’aspect génétique des études réalisées sur cet organisme singulier a toujours été négligé, principalement à cause de la non disponibilité de méthodes appropriées pour isoler en les acides nucléiques et des difficultés rencontrées lors des manipulations subséquentes. Même si l’ARN a déjà pu être isolé à l’aide de trousses commerciales, nous présentons une méthode optimisée pour obtenir un meilleur rendement et une meilleure pureté d’ARN total non contaminé par l’ADN et ce, en moins de temps que les autres méthodes (<2 h). Elle implique une extraction au phénol chaud - chloroforme - IAA dans un ratio de la phase aqueuse sur la phase organique de 1:2, suivie d’une précipitation au chlorure de lithium et d’un lavage à l’éthanol 70 %. Cette méthode optimisée pour Arthrospira (Spirulina) platensis élimine la nécessité d’un traitement à la DNase et produit un ARN de haute qualité, tel que validé par bioanalyseur, RT-PCR et par clonage. Avec le dévoilement récent du génome de Arthrospira (Spirulina), cette méthode sera d’une grande utilité pour réaliser des études à haut débit comme les puces à ADN et la PCR en temps réel.

Document Type: Research Article

Publication date: July 1, 2010

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  • Published since 1954, this monthly journal contains new research in the field of microbiology including applied microbiology and biotechnology; microbial structure and function; fungi and other eucaryotic protists; infection and immunity; microbial ecology; physiology, metabolism and enzymology; and virology, genetics, and molecular biology. It also publishes review articles and notes on an occasional basis, contributed by recognized scientists worldwide.
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nrc/cjm/2010/00000056/00000007/art00006
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