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Validation of a partial rpoB gene sequence as a tool for phylogenetic identification of aeromonads isolated from environmental sources

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Abstract:

A collection of 50 aeromonads isolated from environmental sources were studied, together with all known Aeromonas nomenspecies, by phenotypic, amplified 16S rDNA restriction analysis (16S rDNA RFLP) and by partial sequence alignment of both 16S rDNA and rpoB genes. Although most of the type strain showed a unique phenotypic pattern, a database constructed on type strain phenotype allowed the identification of only 24% of the isolates. Analysis of 16S rDNA RFLP and the rpoB sequence were almost concordant in identifying environmental isolates at the species level, except for strains belonging to Aeromonas caviae spp., which were not differentiated from Aeromonas aquariorum, nor Aeromonas hydrophila susbsp. dhakensis by 16S rDNA RFLP. In addition, rpoB gene analysis clustered separately a group of isolates found in snails within the A. hydrophila species. In contrast to 16S rDNA RFLP and rpoB, the partial 16S rDNA sequence analysis was weak in resolving species identity. Part of these results, phenotypic and phylogenetic data, showed that Aeromonas molluscorum and Aeromonas sharmana are distant from all other Aeromonas species and that the type species of A. hydrophila subsp. anaerogenes is similar to A. caviae and should be considered synonymous.

Une collection de 50 aéromonades d’origines environnementales variées a été étudiée en parallèle aux espèces connues d’Aeromonas par phénotypie, restriction enzymatique de produits d’amplification de l’ADNr 16S (16S rDNA RFLP) et par analyse de séquence partielle des gènes 16S rDNA et rpoB. Alors que la plupart des espèces type a présenté un profil phénotypique caractéristique, la base de données construite à partir du profil des souches type n’a permis l’identification que de 24 % des isolats environnementaux. L’analyse 16S rDNA RFLP et le séquençage rpoB étaient concordants dans l’identification à l’espèce de tous les isolats à l’exception des souches présumées appartenir à l’espèce Aeromonas caviae, dont le profil 16S rRFLP s’est révélé identique à ceux de Aeromonas aquariorum et Aeromonas hydrophila subsp. dhakensis. De plus, le séquençage de rpoB a permis d’individualizer un groupe de souches constitué d’isolats prélevés chez l’escargot à l’intérieur du phylum « Aeromonas hydrophila ». Contrairement aux analyses 16S rDNA et rpoB, le séquençage du gène 16S rDNA n’a pas permis de différencier les espèces d’Aeromonas. Par ailleurs, les méthodes appliquées au cours de ce travail révèlent que les espèces Aeromonas molluscorum et Aeromonas sharmana sont distantes de toutes les autres espèces connues d’Aeromonas et que l’espèce type d’A. hydrophila subsp. anaerogenes est similaire à A. caviae; elles sont donc taxonomiquement synonymes.

Document Type: Research Article

Publication date: March 1, 2010

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  • Published since 1954, this monthly journal contains new research in the field of microbiology including applied microbiology and biotechnology; microbial structure and function; fungi and other eucaryotic protists; infection and immunity; microbial ecology; physiology, metabolism and enzymology; and virology, genetics, and molecular biology. It also publishes review articles and notes on an occasional basis, contributed by recognized scientists worldwide.
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nrc/cjm/2010/00000056/00000003/art00004
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