Comparison of commercial viral genomic extraction kits for the molecular detection of foodborne viruses

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Abstract:

When genetic material is extracted from viruses responsible for food illnesses, two broad types of possibilities are offered: conventional methods, which are well established but usually long and exacting to perform, or commercial kits, which are faster and easy to use but much more expensive. Thus, it is important to evaluate some performance parameters such as the analytical sensitivity to be able to select the optimal technique for each situation. The principal objective of this study was to establish and compare the analytical sensitivities of three commercial genetic material extraction methods (TRIzol reagent, FTA cards, and QIAGEN kits) along with three selected viruses, adenovirus, hepatitis A virus, and rotavirus. Viral detection was carried out using a standard PCR technique for adenovirus and reverse transcription PCR for rotavirus and hepatitis A virus. The results obtained showed that with the QIAGEN kit, the sensitivity was 2 logs lower than with the two other methods for all three viruses studied. Nevertheless, despite their lower analytical sensitivities, the other two extraction methods should not be overlooked and ought to be considered when evaluating the most efficient approach suitable for a specific commodity, since food-related outbreaks may be traced to a wide variety of food types.

Lorsque du matériel génétique de virus responsables d’intoxications alimentaires est extrait, deux grands types d’approches sont offerts : des méthodes conventionnelles déjà bien établies mais habituellement longues et exigeantes à réaliser ou des trousses commerciales plus rapides et faciles d’utilisation mais qui sont beaucoup plus onéreuses. Il est alors important d’évaluer certains paramètres de performance dont la sensibilité analytique afin de choisir la meilleure technique dans chaque situation. Le principal objectif de cette étude était d’établir et de comparer les sensibilités analytiques de trois méthodes d’extraction de matériel génétique (le réactif TRIzol, la matrice FTA et la trousse QIAGEN) sur trois virus choisis, l’adénovirus, le virus de l’hépatite A et le rotavirus. La détection virale a été réalisée par une technique de PCR standard pour l’adénovirus et par transcription inverse suivie d’une PCR pour le rotavirus et le virus de l’hépatite A. Les résultats obtenus montrent qu’avec la trousse QIAGEN, la sensibilité est meilleure d’un facteur de 2 log par rapport aux deux autres méthodes et ce, pour les trois virus étudiés. Cependant, malgré leurs sensibilités analytiques plus faibles, ces deux autres méthodes d’extraction ne doivent pas être mises de côté et devraient être considérées lors d’évaluation d’approches efficaces et plus appropriées pour des raisons de commodité spécifiques puisque les éclosions d’intoxications alimentaires peuvent être reliées à une grande variété de types d’aliments.

Document Type: Research Article

Publication date: August 1, 2009

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  • Published since 1954, this monthly journal contains new research in the field of microbiology including applied microbiology and biotechnology; microbial structure and function; fungi and other eucaryotic protists; infection and immunity; microbial ecology; physiology, metabolism and enzymology; and virology, genetics, and molecular biology. It also publishes review articles and notes on an occasional basis, contributed by recognized scientists worldwide.
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