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Biodiversity of Trichoderma strains in Tunisia

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Abstract:

Trichoderma strains were sampled in 4 different bioclimatic zones of Tunisia, a Mediterranean North African country with strong climatic and edaphic variability from north to south, to assess the genetic diversity of endemic species of Trichoderma and their relationship to the bioclimatic zones. In all, 53 strains were isolated and identified at the species level by analysis of their internal transcribed spacers regions 1 and 2 (ITS1 and ITS2) of the rDNA cluster and (or) a fragment of the translation elongation factor 1 (tef1) gene, using an online interactive key for species identification in Trichoderma and ex-type strains and taxonomically established isolates of Trichoderma as references. At least 2 different species were observed in each ecosystem. Trichoderma harzianum clade VI and Trichoderma longibrachiatum were present in forest soils in north Tunisia; Trichoderma atroviride and Trichoderma hamatum were found in cultivated fields in northeast Tunisia; T. harzianum clade VI, a Trichoderma sp. close to the T. harzianum complex, and Trichoderma saturnisporum were isolated from forest soils in central Tunisia; and T. harzianum clade II and T. hamatum were present in oasis soils in south Tunisia.

Des souches de Trichoderma ont été échantillonnées dans 4 zones bioclimatiques différentes de la Tunisie, un pays méditerranéen d’Afrique du Nord qui possède une importante variabilité climatique et édaphique du nord au sud, afin d’évaluer la diversité génétique des espèces endémiques de Trichoderma et leur relation aux zones bioclimatiques. En tout, 53 souches ont été isolées et identifiées à l’échelle de l’espèce par des analyses des régions 1 et 2 des espaceurs internes transcrits (ITS1 et ITS2) de l’agrégat de l’ADNr et (ou) d’un fragment du gène codant le facteur d’élongation de la traduction 1 (tef1), en utilisant une clé d’identification interactive en ligne pour Trichoderma et les souches de type ex, ainsi que pour les isolats taxonomiquement établis de Trichoderma utilisés comme références. Au moins deux espèces différentes ont été observées dans chaque écosystème. Trichoderma harzianum clade VI et Trichoderma longibrachiatum étaient présents dans les sols des forêts du nord de la Tunisie; Trichoderma atroviride et Trichoderma hamatum étaient trouvés dans les champs cultivés du nord-est de la Tunisie; T. harzianum clade VI, Trichoderma sp. voisin du complexe T. harzianum et Trichoderma saturnisporum ont été isolés des sols forestiers du centre de la Tunisie; et T. harzianum clade II et T. hamatum étaient présents dans les sols des oasis du sud de la Tunisie.

Document Type: Research Article

Publication date: February 1, 2009

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  • Published since 1954, this monthly journal contains new research in the field of microbiology including applied microbiology and biotechnology; microbial structure and function; fungi and other eucaryotic protists; infection and immunity; microbial ecology; physiology, metabolism and enzymology; and virology, genetics, and molecular biology. It also publishes review articles and notes on an occasional basis, contributed by recognized scientists worldwide.
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