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Helicobacter pylori detection and genotyping in gastric biopsy specimens from Chennai patients (India)

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The aim of the present study was to investigate the prevalence of Helicobacter pylori infection and the correlation between cagA and vacA (mid-region) genotypes with different clinical outcomes from Chennai, India, patients. Biopsies from the antrum were taken to assess the current H. pylori status by histology, rapid urease test (RUT), and PCR. The RUT and PCR analyses were carried out on a single biopsy specimen. Fasting sera were obtained from all patients and H. pylori status was determined by using ELISA. In addition, the correlations between cagA and vacA genotypes and the consequence of H. pylori infection were statistically examined. Prevalence of the cagA gene was found in 96% (90/94) of patients, and the vacA m2 subtype occurred in 60% (56/94), whereas 32% (30/94) showed the vacA m1 subtype. A significant association between the cagA and vacA m2 region (2 = 5.556; p < 0.01) was found in ulcer patients. The vacA m2 genotype showed a near-significant value (2 = 3.943; p < 0.047) in ulcer patients when compared with vacA m1. These findings suggest that H. pylori strains with the vacA m2 region were predominant in South India, especially in and around Chennai. This study also showed that PCR has a potential value for studying the cagA gene directly from biopsy specimens.

Le but de cette étude était d’examiner la prévalence de l’infection à Helicobacter pylori et la corrélation existant entre les génotypes cagA et vacA (région intermédiaire) et les différentes répercussions cliniques chez des patients de Chennai, Inde. Des biopsies de l’antre ont été prélevées afin d’évaluer le statut actuel en lien avec H. pylori par histologie, par un test rapide à l’uréase (TRU) et par une réaction de polymérase en chaîne (PCR). Les analyses par TRU et PCR ont été réalisées sur des spécimens de biopsie uniques. Le sérum a été obtenu de tous les patients à jeun et la présence de H. pylori a été déterminée par ELISA. De plus, la corrélation entre les génotypes cagA et vacA et les conséquences de l’infection à H. pylori ont été examinées statistiquement. La prévalence du gène cagA a été évaluée à 96 % (90 / 94) et le sous-type m2 de vacA survenait dans 60 % des cas (56 / 94) alors que 32 % (30 / 94) des spécimens appartenaient au sous-type m1 de vacA. Une association significative entre les régions cagA et vacA m2 (2 = 5.556; p < 0.01) a été trouvée chez tous les patients présentant un ulcère. Le génotype vacA m2 était associé de façon quasi significative (2 = 3.943; p < 0.047) chez les patients avec ulcère comparativement à vacA m1. Ces résultats suggèrent que les souches de H. pylori possédant la région m2 de vacA sont prédominantes dans le Sud de l’Inde, spécialement à Chennai et sa région. Cette étude montre également que la PCR est potentiellement valable pour étudier le gène cagA directement de spécimens de biopsie.

Document Type: Research Article

Publication date: 2009-02-01

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  • Published since 1954, this monthly journal contains new research in the field of microbiology including applied microbiology and biotechnology; microbial structure and function; fungi and other eucaryotic protists; infection and immunity; microbial ecology; physiology, metabolism and enzymology; and virology, genetics, and molecular biology. It also publishes review articles and notes on an occasional basis, contributed by recognized scientists worldwide.
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