Genetic diversity among Mycobacterium tuberculosis isolates from Mexican patients

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Abstract:

Forty-six isolates of the Mycobacterium tuberculosis complex were typified by PCR of the IS6110 region and by Mycobacterium bovis specific primers JB21/JB22. Isolate MVG01 was typified as M. bovis, being the first record of a case of human tuberculosis caused by this species in Mexico. RAPD-PCR was used to describe the genetic diversity of the remaining 45 M. tuberculosis complex isolates. The corrected genotypic diversity value calculated for the analyzed population was 0.96, the estimated mean gene diversity was 0.235, and the corrected Shannon-Weiner index was 2.15. All allele-loci combinations generated showed significant linkage disequilibria. The distribution of genetic variation was analyzed both by the unweighted pair group method with arithmetic averages clustering and by principal coordinates analysis. Unweighted pair group method with arithmetic averages clustering resulted in a tree with four main clusters and one unclustered strain (MVG20), the principal coordinates analysis strain distribution pattern being consistent with this grouping. The obtained results suggest that the studied isolates belong to a clonal population having significant genetic diversity. Our genetic diversity results are comparable with those reported for other populations of M. tuberculosis, although only three RAPD primers were used.

Quarante-six isolats du complexe Mycobacterium tuberculosis ont été typés par PCR de la région IS6110 à l’aide des amorces JB21/JB22 spécifiques à Mycobacterium bovis. L’isolat MVG01 a été identifié comme étant M. bovis et constitue le premier cas répertorié de tuberculose humaine causé par cette espèce au Mexique. UneRAPD-PCR a été utilisée pour décrire la diversité génétique des 45 autres isolats du complexe M. tuberculosis. La valeur de la diversité génotypique corrigée calculée pour la population analysée était de 0,96, la diversité génique moyenne estimée était de 0,235, et l’indice corrigé de Shannon-Weiner était de 2,15. Toutes les combinaisons allèle-locus générées ont démontré un déséquilibre de linkage significatif. La distribution de la variation génétique a été analysée par l’algorithme « unweighted pair group method with arithmetic averages clustering » et par « principal coordinates analysis ». Le regroupement par « unweighted pair group method with arithmetic averages clustering » a généré un arbre comportant quatre grappes principales et une souche indépendante (MVG20), le parton de distribution des souches par « principal coordinates analysis » étant cohérent avec ce regroupement. Les résultats obtenus suggèrent que les isolats étudiés appartiennent à une population clonale possédant une diversité génétique significative. Nos résultats portant sur la diversité génétique sont comparables aux résultats rapportés avec d’autres populations de M. tuberculosis, quoique seules trois paires d’amorces RAPD aient été utilisées.

Document Type: Research Article

Publication date: August 1, 2008

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