Characterization of formulated microbial products by denaturing gradient gel electrophoresis, total cellular fatty acid analysis, and DNA microarray analysis

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Two commercial products, Biotize and Cycle, containing bacteria as an active ingredient were characterized for species identification and batch-to-batch variation by denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE), total cellular fatty acid analysis (FAA), and a taxonomic DNA microarray. DGGE was useful at assessing the stability of consortia in different batches, and cluster analysis differentiated each batch even when only slight differences in species composition were observed. DGGE, FAA, and DNA microarray results indicated little batch-to-batch variation in Biotize and some batch variation in Cycle. The 3 methods agreed well with species identification in Biotize but generated conflicting results in the species composition of Cycle. This multi-method approach was useful in determining if the observed bacterial species present in the products matched the expected species composition.

L’identification des espèces et à la variation de lot à lot de 2 produits commerciaux contenant des bactéries comme ingrédients actifs ont été caractérisées par électrophorèse sur gel dénaturant en gradient (DGGE), par analyse du contenu cellulaire total d’acides gras (FAA) et par une méthode taxonomique sur micropuce d’ADN. Le DGGE a permis de vérifier la stabilité des consortiums dans les différents lots et l’analyse de grappes a permis de différencier chaque lot, même si de faibles différences dans la composition en espèces étaient observées. La DGGE, le FAA et les micropuces d’ADN ont indiqué qu’il existait une légère variation de lot à lot dans le « Biotize » et une variation de lot plus grande dans le « Cycle ». Les résultats des 3 méthodes concordaient bien pour identifier les espèces du « Biotize » mais étaient contradictoires dans la détermination de la composition des espèces du « Cycle ». Cette approche multiple a permis de déterminer si les espèces bactériennes observées dans ces produits concordaient avec la composition en espèces attendue.

Document Type: Research Article

Publication date: May 1, 2008

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  • Published since 1954, this monthly journal contains new research in the field of microbiology including applied microbiology and biotechnology; microbial structure and function; fungi and other eucaryotic protists; infection and immunity; microbial ecology; physiology, metabolism and enzymology; and virology, genetics, and molecular biology. It also publishes review articles and notes on an occasional basis, contributed by recognized scientists worldwide.
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