Source tracking of Escherichia coli by 16S–23S intergenic spacer region denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) of the rrnB ribosomal operon

$50.00 plus tax (Refund Policy)

Buy Article:

Abstract:

This research validates a novel approach for source tracking based on denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) analysis of DNA extracted from Escherichia coli isolates. Escherichia coli from different animal sources and from river samples upstream from, at, and downstream of a combined sewer overflow were subjected to DGGE to determine sequence variations within the 16S–23S intergenic spacer region (ISR) of the rrnB ribosomal operon. The ISR was analyzed to determine if E.coli isolates from various animal sources could be differentiated from each other. DNA isolated from the E.coli animal sources was PCR amplified to isolate the rrnB operon. To prevent amplification of all 7 E.coli ribosomal operons by PCR amplification using universal primers, sequence-specific primers were utilized for the rrnB operon. Another primer set was then used to prepare samples of the 16S–23S ISR for DGGE. Comparison of PCR–DGGE results between human and animal sources revealed differences in the distribution and frequency of the DGGE bands produced. Human and Canada Goose isolates had the most unique distribution patterns and the highest percent of unique isolates and were grouped separately from all other animal sources. Method validation suggests that there are enough host specificity and genetic differences for use in the field. Field results at and around a combined sewer overflow indicate that this method can be used for microbial source tracking.

Cette recherche valide une nouvelle approche de dépistage de sources microbiennes basée sur l’analyse par électrophorèse en gradient de gel dénaturant (DGGE) de l’ADN extrait d’isolats d’Escherichia coli. Escherichia coli prélevées de différentes sources animales et d’échantillons d’eau de rivière prélevés en amont, en aval et au site d’un déversoir combiné d’eaux usées (CSO) ont été soumises à une DGGE afin de déterminer les variations de séquences au sein de la région de l’espaceur intergénique (ISR) 16S–23S de l’opéron ribosomique rrnB. L’ISR a été analysée pour déterminer si les isolats d’E.coli provenant des différentes sources animales pouvaient se distinguer les uns des autres. L’ADN isolé d’E.coli issues de sources animales a été amplifié par PCR pour isoler l’opéron rrnB. Afin de prévenir l’amplification PCR des 7 opérons ribosomiques d’E.coli en utilisant des amorces universelles, des amorces spécifiques à la séquence de l’opéron rrnB ont été utilisées. D’autres paires d’amorces ont ensuite été utilisées lors de la préparation des échantillons d’ISR 16S–23S pour la DGGE. La comparaison des résultats des PCR–DGGE obtenus à partir de sources humaine et animales a révélé des différences dans la distribution et la fréquence des bandes apparaissant en DGGE. Les isolats prélevés chez l’humain et chez l’oie du Canada possédaient des patrons de distribution uniques, présentaient le plus haut pourcentage d’isolats uniques et se distinguaient des isolats des autres sources animales. La validation de cette méthode suggère que la spécificité des souches pour l’hôte et les différences génétiques sont suffisantes pour son utilisation sur le terrain. Les résultats de terrain au site et à proximité d’un CSO indiquent que cette méthode peut être utilisée pour le dépistage de sources microbiennes.

Document Type: Research Article

Publication date: October 1, 2007

More about this publication?
  • Published since 1954, this monthly journal contains new research in the field of microbiology including applied microbiology and biotechnology; microbial structure and function; fungi and other eucaryotic protists; infection and immunity; microbial ecology; physiology, metabolism and enzymology; and virology, genetics, and molecular biology. It also publishes review articles and notes on an occasional basis, contributed by recognized scientists worldwide.
  • Information for Authors
  • Submit a Paper
  • Subscribe to this Title
  • Terms & Conditions
  • Sample Issue
  • Reprints & Permissions
  • ingentaconnect is not responsible for the content or availability of external websites
Related content

Tools

Favourites

Share Content

Access Key

Free Content
Free content
New Content
New content
Open Access Content
Open access content
Subscribed Content
Subscribed content
Free Trial Content
Free trial content
Cookie Policy
X
Cookie Policy
ingentaconnect website makes use of cookies so as to keep track of data that you have filled in. I am Happy with this Find out more