DNA fingerprinting analysis of Petromyces alliaceus (Aspergillus section Flavi)

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Abstract:

The objective of this study was to evaluate the ability of the Aspergillus flavus pAF28 DNA probe to produce DNA fingerprints for distinguishing among genotypes of Petromyces alliaceus (Aspergillus section Flavi), a fungus considered responsible for the ochratoxin A contamination that is occasionally observed in California fig orchards. P. alliaceus (14 isolates), Petromyces albertensis (one isolate), and seven species of Aspergillus section Circumdati (14 isolates) were analyzed by DNA fingerprinting using a repetitive sequence DNA probe pAF28 derived from A. flavus. The presence of hybridization bands with the DNA probe and with the P. alliaceus or P. albertensis genomic DNA indicates a close relationship between A. flavus and P. alliaceus. Twelve distinct DNA fingerprint groups or genotypes were identified among the 15 isolates of Petromyces. Conspecificity of P. alliaceus and P. albertensis is suggested based on DNA fingerprints. Species belonging to Aspergillus section Circumdati hybridized only slightly at the 7.0-kb region with the repetitive DNA probe, unlike the highly polymorphic hybridization patterns obtained from P. alliaceus and A. flavus, suggesting very little homology of the probe to Aspergillus section Circum dati genomic DNA. The pAF28 DNA probe offers a tool for typing and monitoring specific P. alliaceus clonal populations and for estimating the genotypic diversity of P. alliaceus in orchards, vineyards, or crop fields.Key words: Aspergillus alliaceus, Circumdati, DNA probe, genotypic diversity, hybridization patterns, ochratoxin, Southern blot.

L'objectif de cette étude était d'évaluer les capacités d'une sonde d'ADN pAF28, préparée à partir d'Aspergillus flavus, à générer des empreintes d'ADN permettant de distinguer les génotypes de Petromyces alliaceus (Aspergillus section Flavi), un champignon responsable de la contamination à l'ochratoxine A observée occasionnellement dans les figueries de Californie. Quatorze isolats de P. alliaceus, un isolat de Petromyces albertensis et 14 isolats de sept espèces d'Aspergillus section Circumdati ont été analysés par empreinte à l'ADN avec la sonde d'ADN comprenant la séquence répétée de pAF28 dérivée de A. flavus. La présence de bandes lors de l'hybridation de l'ADN de la sonde avec l'ADN génomique de P. alliaceus ou P. albertensis indique que A. flavus et P. alliaceus sont étroitement reliés. Douze groupes d'empreintes d'ADN ou de génotypes distincts ont été identifiés parmi les 15 isolats de Petromyces. La conspécificité de P. alliaceus et P. albertensis est suggérée par les empreintes à l'ADN. Les espèces appartenant à la section Circumdati d'Aspergillus s'hybrident faiblement avec la sonde répétitive d'ADN dans une région de 7,0 kb, contrairement à P. alliaceus et A. flavus qui génèrent des partons d'hybridation hautement polymorphes, suggérant qu'il existe peu d'homologie entre la sonde et l'ADN génomique d'Aspergillus section Circumdati. La sonde d'ADN pAF28 offre un outil permettant le typage et la surveillance de populations clonales spécifiques de P. alliaceus ainsi que l'estimation de la diversité génotypique de P. alliaceus dans les vergers, les vignobles ou les champs.Mots clés : Aspergillus alliaceus, Circumdati, sonde d'ADN, diversité génotypique, patrons d'hybridation, ochratoxine, buvardage par Southern.[Traduit par la Rédaction]

Document Type: Research Article

Publication date: December 1, 2005

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  • Published since 1954, this monthly journal contains new research in the field of microbiology including applied microbiology and biotechnology; microbial structure and function; fungi and other eucaryotic protists; infection and immunity; microbial ecology; physiology, metabolism and enzymology; and virology, genetics, and molecular biology. It also publishes review articles and notes on an occasional basis, contributed by recognized scientists worldwide.
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