Development of a rapid identification method for Aeromonas species by multiplex-PCR

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Abstract:

Existing biochemical methods cannot distinguish among some species of Aeromonads, while genetic methods are labor intensive. In this study, primers were developed to three genes of Aeromonas: lipase, elastase, and DNA gyraseB. In addition, six previously described primer sets, five corresponding to species-specific signature regions of the 16S rRNA gene from A. veronii, A. popoffii, A. caviae, A. jandaei, and A. schubertii, respectively, and one corresponding to A. hydrophila specific lipase (hydrolipase), were chosen. The primer sets were combined in a series of multiplex-PCR (mPCR) assays against 38 previously characterized strains. Following PCR, each species was distinguished by the production of a unique combination of amplicons. When the assays were tested using 63 drinking water isolates, there was complete agreement in the species identification (ID) for 59 isolates, with ID established by biochemical assays. Sequencing the gyrB and the 16S rRNA gene from the remaining four strains established that the ID obtained by mPCR was correct for three strains. For only one strain, no consensus ID could be obtained. A rapid and reliable method for identification of different Aeromonas species is proposed that does not require restriction enzyme digestions, thus simplifying and speeding up the process.Key words: Aeromonas, multiplex-PCR, identification.

Les méthodes biochimiques actuelles ne permettent pas de distinguer certaines espèces d'Aeromonas les unes des autres, alors les méthodes génétiques requièrent beaucoup de travail. Dans cette étude, nous avons conçu des amorces correspondant à trois gènes d'Aeromonas: la lipase, l'élastase et la gyrase B d'ADN. De plus, nous avons choisi six séries d'amorces déjà décrites, five correspondant respectivement à des régions signatures spécifiques du gène codant l'ARNr 16S de A. veronii, A. popoffii, A. caviae, A. jandaei et A. schubertii, et une correspondant à la lipase spécifique (hydrolipase) de A. hydrophila. Les amorces ont été combinées lors d'une série d'analyses PCR-multiplex (PCRm) sur 38 souches précédemment caractérisées. Suite à la PCR, chaque espèce s'est distinguée des autres par la production d'une combinaison unique d'amplicons. Lorsque les analyses ont été faites sur 63 isolats d'eau de consommation, nous avons obtenu une concordance complète dans l'identification (ID) de 59 isolats déjà identifiés par les tests biochimiques. Le séquençage de gyrB et du gène de l'ARNr 16S des quatre autres souches a permis de déterminer que l'ID obtenue par PCRm était exacte pour trois souches. Pour une souche seulement, aucune ID consensuelle n'a pu être obtenue. Nous proposons donc une méthode rapide et fiable pour identifier différentes espèces d'Aeromonas qui ne requiert pas de digestions par des enzymes de restriction, simplifiant et accélérant de ce fait le processus.Mots clés : Aeromonas, PCR multiplex, identification.[Traduit par la Rédaction]

Document Type: Research Article

Publication date: November 1, 2005

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  • Published since 1954, this monthly journal contains new research in the field of microbiology including applied microbiology and biotechnology; microbial structure and function; fungi and other eucaryotic protists; infection and immunity; microbial ecology; physiology, metabolism and enzymology; and virology, genetics, and molecular biology. It also publishes review articles and notes on an occasional basis, contributed by recognized scientists worldwide.
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