Bacterial diversity in water samples from uranium wastes as demonstrated by 16S rDNA and ribosomal intergenic spacer amplification retrievals

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Abstract:

Bacterial diversity was assessed in water samples collected from several uranium mining wastes in Ger many and in the United States by using 16S rDNA and ribosomal intergenic spacer amplification retrievals. The results obtained using the 16S rDNA retrieval showed that the samples collected from the uranium mill tailings of Schlema/Alberoda, Germany, were predominated by Nitrospina-like bacteria, whereas those from the mill tailings of Shiprock, New Mexico, USA, were predominated by -Pseudomonas and Frauteria spp. Additional smaller populations of the CytophagaFlavobacteriumBacteroides group and α- and -Proteobacteria were identified in the Shiprock samples as well. Proteobacteria and CytophagaFlavobacteriumBacteroides were also found in the third uranium mill tailings studied, Gittersee/Coschütz, Germany, but the groups of the predominant clones were rather small. Most of the clones of the Gittersee/Coschütz samples represented individual sequences, which indicates a high level of bacterial diversity. The samples from the fourth uranium waste studied, Steinsee Deponie B1, Germany, were predominantly occupied by Acinetobacter spp. The ribosomal intergenic spacer amplification retrieval provided results complementary to those obtained by the 16S rDNA analyses. For instance, in the Shiprock samples, an additional predominant bacterial group was identified and affiliated with Nitrosomonas sp., whereas in the Gittersee/Coschütz samples, anammox populations were identified that were not retrieved by the applied 16S rDNA approach.Key words: bacterial diversity, 16S rDNA, ribosomal intergenic spacer amplification (RISA), uranium wastes.

Nous avons évalué la diversité bactérienne dans des échantillons d'eau recueillis de plusieurs déchets d'extraction d'uranium en Allemagne et aux États-Unis à l'aide d'analyses de l'ADNr 16S et de l'amplification de l'espaceur intergénique ribosomal. Les résultats obtenus des analyses de l'ADNr 16S ont démontré que des échantillons recueillis des résidus de traitement d'uranium de Schlema/Alberoda, Allemagne, contenaient principalement des bactéries semblables à Nitrospina alors que celles des résidus de traitement d'uranium de Shiprock, Nouveau-Mexique, États-Unis, étaient principalement des espèces de -Pseudomonas et Frauteria. D'autres plus petites populations du groupe CytophagaFlavobacteriumBacteroides et des α- et -Protéobactéries ont également été identifiées dans les échantillons de Shiprock. Des protéobactéries et des CytophagaFlavobacteriumBacteroides ont également été retrouvés dans les troisièmes résidus de traitement d'uranium étudiés, ceux de Gittersee/Coschütz, Allemagne, mais les groupes des clones prédominants étaient relativement petits. La plupart des clones des échantillons de Gittersee/Coschütz représentaient des séquences uniques, ce qui indique un degré élevé de diversité bactérienne. Les bactéries des échantillons des quatrièmes déchets d'uranium étudiés, c'est-à-dire ceux de Steinsee Deponie B1, Allemagne, était principalement représentées par Acinetobacter spp. Les analyses de l'amplification de l'espaceur intergénique ribosomal ont fourni des résultats complémentaires à ceux obtenus avec les analyses de ADNr 16S. Par exemple, un groupe bactérien prédominant supplémentaire fut identifié dans les échantillons de Shiprock et fut affilié à Nitrosomonas sp., alors que des populations d'anammox dans les échantillons de Gittersee/Coschütz ont été identifiées alors qu'elles n'avaient pu être révélées par l'approche d'ADNr 16S utilizée.Mots clés : diversité bactérienne, ADNr 16S, amplification de l'espaceur intergénique ribosomal (RISA), déchets d'uranium.[Traduit par la Rédaction]

Document Type: Research Article

Publication date: November 1, 2005

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