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Diagnosis of Helicobacter pylori infection and determination of clarithromycin resistance by fluorescence in situ hybridization from formalin-fixed, paraffin-embedded gastric biopsy specimens

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Abstract:

A reliable diagnostic test for Helicobacter pylori is important in clinical practice and research. The ideal diagnostic test for H. pylori should be sensitive, specific, and cost-effective. Helicobacter pylori resistance to clarithromycin is a common reason for failure of eradication therapy. The aim of this study was to evaluate the fluorescent in situ hybridization (FISH) method to detect H. pylori and determine clarithromycin resistance in formalin-fixed, paraffin-embedded gastric biopsy specimens. One hundred seventeen gastric biopsy specimens from patients with dyspepsia were examined for the presence of H. pylori by conventional culture, FISH, and histopathological methods. A set of fluorescent-labeled oligonucleotide probes binding to either H. pylori 16S rRNA or 23S rRNA sequences were used for FISH analysis. Phenotypic antibiotic susceptibilities of the isolates were tested using the Epsilometer test method (E test). Helicobacter pylori was detected in 70 of 117 biopsy specimens by histopathological examination and FISH, whereas it was detected in 47 specimens by culturing. Histopathology and FISH techniques failed to identify H. pylori in 1 biopsy sample isolated by culture. Clarithromycin resistance was found in 11 of 46 H. pylori isolates using the E test method. All of the phenotypic resistance measurements of isolates were correlated with genotypic clarithromycin resistance. Eleven clarithromycin-resistant strains were identified by FISH. The diagnosis of H. pylori infection and the determination of clarithromycin resistance in formalin-fixed, paraffin-embedded specimens using FISH is promising because it provides a rapid, reliable, and culture-independent diagnosis.Key words: Helicobacter pylori, clarithromycin resistance, FISH.

Un diagnostic fiable de Helicobacter pylori est important pour la recherche et la pratique médicale. Le test diagnostic idéal de H. pylori devrait être sensible, spécifique et peu coûteux. La résistance de H. pylori à la clarithromycine entraîne régulièrement l'échec d'une thérapie d'élimination. Le but de cette étude fut d'évaluer la méthode d'hybridation in situ fluorescente (FISH) pour la détection de H. pylori et la détermination de la résistance à la clarithromycine dans des spécimens de biopsie gastrique fixés à la formaline et enrobés dans de la paraffine. Cent dix-sept spécimens de biopsies gastriques provenant de patients souffrant de dyspepsie ont été examinés par culture conventionnelle, par FISH et par des méthodes histopathologiques pour la présence de H. pylori. Un ensemble de sondes oligonucléotidiques fluorescentes se liant aux séquences d'ARNr 16S ou 23S de H. pylori ont été utilisées pour l'analyse de FISH. Les susceptibilités phénotypiques aux antibiotiques des isolats ont été déterminées à l'aide de la méthode de l'epsilomètre. Helicobacter pylori fut détecté dans 70 des 117 spécimens de biopsie par examen histopathologique et FISH alors qu'il ne fut détecté que dans 47 spécimens par culture. Les techniques histopathologiques et de FISH n'ont pu identifier H. pylori présent dans un échantillon de biopsie et isolé par culture. Onze souches résistantes à la clarithromycine furent identifiées par FISH. Le diagnostic par FISH de l'infection par le H. pylori et la détermination de la résistance à la clarithromycine dans les spécimens fixés à la formaline et enrobés de paraffine est prometteur puisqu'il fournit un diagnostic rapide, fiable et indépendant de la culture.Mots clés : Helicobacter pylori, résistance à la clarithromycine, FISH.[Traduit par la Rédaction]

Document Type: Research Article

Publication date: July 1, 2005

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  • Published since 1954, this monthly journal contains new research in the field of microbiology including applied microbiology and biotechnology; microbial structure and function; fungi and other eucaryotic protists; infection and immunity; microbial ecology; physiology, metabolism and enzymology; and virology, genetics, and molecular biology. It also publishes review articles and notes on an occasional basis, contributed by recognized scientists worldwide.
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