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Differentiation of group VIII Spiroplasma strains with sequences of the 16S–23S rDNA intergenic spacer region

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Abstract:

Spiroplasma species (Mollicutes: Spiroplasmataceae) are associated with a wide variety of insects, and serology has classified this genus into 34 groups, 3 with subgroups. The 16S rRNA gene has been used for phylogenetic analysis of spiroplasmas, but this approach is uninformative for group VIII because the serologically distinct subgroups generally have similarity coefficients >0.990. Therefore, we investigated the utility of the 16S–23S rRNA spacer region as a means to differentiate closely related subgroups or strains. We generated intergenic sequences and detailed serological profiles for 8 group VIII Spiroplasma strains. Sequence analyses using Maximum Parsimony, Neighbor Joining, and Maximum Likelihood placed the strains into 2 clades. One clade consisted of strains BARC 2649 and GSU5367. The other clade was divided into clusters containing representatives of the 3 designated group VIII subgroups (EA-1, DF-1, and TAAS-1) and 3 previously unclassified strains. The stability of the positions of the strains in various analytical models and the ability to provide robust support for groupings tentatively supported by serology indicates that the 16S–23S intergenic rDNA sequence will prove useful in intragroup analysis of group VIII spiroplasmas.Key words: Mollicutes, Spiroplasma, phylogeny, Tabanidae.

Les espèces de Spiroplasma (Mollicutes : Spiroplasmataceae) sont associées à un bon nombre d'insectes, et la sérologie a classifié ce genre en 34 groupes, dont 3 ayant des sous-groupes. Le gène de l'ARNr 16S a été employé afin d'effectuer des analyses phylogénétiques de spiroplasmes, mais cette approche ne fournit pas d'information sur le groupe VIII parce que les sous-groupes sérologiques ont généralement des coefficients de similitude supérieurs à 0,990. Nous avons par conséquent évalué si l'espaceur 16S–23S de l'ARNr pourrait être utilisé afin de différencier des sous-groupes ou des souches fortement rapprochés. Nous avons produit des séquences intergéniques et avons détaillé des profils sérologiques pour 8 souches du groupe VIII de Spiroplasma. Des analyses de séquence à l'aide du maximum de parcimonie, de la méthode NJ et du maximum de vraisemblance ont séparé les souches en 2 clades. Un clade était composé des souches BARC 2649 et GSU5367. L'autre clade fut divisé en 2 ensembles renfermant des représentants des 3 sous-groupes désignés du groupe VIII (EA-1, DF-1 et TAAS-1) et 3 souches auparavant non classifiées. La stabilité des positions des souches dans les divers modèles analytiques et la capacité à fournir un solide soutien aux regroupements proposés par la sérologie indiquent que la séquence de l'ADNr intergénique 16S–23S s'avérera utile pour l'analyse des spiroplasmes retrouvés à l'intérieur du groupe VIII.Mots clés : Mollicutes, Spiroplasma, phylogénie, Tabanidae.[Traduit par la Rédaction]

Document Type: Research Article

Publication date: December 1, 2004

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  • Published since 1954, this monthly journal contains new research in the field of microbiology including applied microbiology and biotechnology; microbial structure and function; fungi and other eucaryotic protists; infection and immunity; microbial ecology; physiology, metabolism and enzymology; and virology, genetics, and molecular biology. It also publishes review articles and notes on an occasional basis, contributed by recognized scientists worldwide.
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