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rDNA-RFLP identification of Candida species in immunocompromised and seriously diseased patients

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PCR was used to amplify a targeted region of the ribosomal DNA of 76 Candida spp. isolates from immunocompromised and seriously diseased patients. Thirty-seven strains isolated from different anatomical sites of 11 patients infected with HIV (Vitória, ES, Brazil), 26 isolates from patients under treatment at Odilon Behrens Hospital and 13 isolates from skin and urine samples from São Marcos Clinical Analysis Laboratory (Belo Horizonte, Brazil) were scored. Fragments of rDNA were amplified using primer pairs ITS1-ITS4, for the amplification of ITS1 and ITS2 regions, including the gene for the 5.8s subunit. Amplification resulted in fragments ranging in size from 350 to 950 bp. Amplicons were digested with eight restriction enzymes. A pattern of species-specificity among the different medically important Candida species could be identified following restriction digestion of the PCR products. Candida albicans was the species most frequently observed, except for the group of newborns under treatment at the Odilon Behrens Hospital and for the isolates from the clinical analysis laboratory. C. parapsilosis was the species most frequently observed in these two groups.Key words: polymerase chain reaction, restriction fragment length polymorphism, candidosis, Candida spp.

Nous avons utilisé le PCR afin d'amplifier un région ciblée de l'ADN ribosomal de 76 isolats de Candida spp. obtenus de patients immunocompromis et gravement affectés. Trente-sept souches isolées à divers endroits anatomiques chez 11 patients infectés par le VIH (Vitória, ES, Brésil), 26 isolats de patients en traitement à l'Hôpital Odilon Behrens et 13 isolats provenant d'échantillons de peau et d'urine du Laboratoire d'Analyse Clinique de São Marcos (Belo Horizonte, Brésil) ont été recensés. Des fragments d'ADNr ont été amplifiés en employant les paires d'amorces ITS1-ITS4, pour l'amplification des régions ITS1 et ITS2, incluant le gène de la sous-unité 5,8s. L'amplification a produit des fragments d'une longueur de 350 à 950 pb. Les amplicons ont été digérés avec huit enzymes de restriction. Suite à une digestion des produits de PCR, un patron de spécificité à l'espèce a pu être identifié parmi les différentes espèces de Candida ayant une importance médicale. L'espèce observée la plus fréquemment fut Candida albicans, sauf pour le groupe de nouveaux-nés en traitement à l'Hôpital Odilon Behrens et pour les isolats du laboratoire d'analyse clinique. Dans ces deux groupes, l'espèce observée la plus fréquemment était C. parapsilosis.Mots clés : réaction de polymérase en chaîne, polymorphisme de taille des fragments de restriction, candidose, Candida spp.[Traduit par la Rédaction]

Document Type: Research Article

Publication date: July 1, 2004

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  • Published since 1954, this monthly journal contains new research in the field of microbiology including applied microbiology and biotechnology; microbial structure and function; fungi and other eucaryotic protists; infection and immunity; microbial ecology; physiology, metabolism and enzymology; and virology, genetics, and molecular biology. It also publishes review articles and notes on an occasional basis, contributed by recognized scientists worldwide.
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