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Lactobacillus casei, Lactobacillus rhamnosus, and Lactobacillus zeae isolates identified by sequence signature and immunoblot phenotype

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Abstract:

Species taxonomy within the Lactobacillus casei group of bacteria has been unsettled. With the goal of helping clarify the taxonomy of these bacteria, we investigated the first 3 variable regions of the 16S rRNA gene, the 16S-23S rRNA interspacer region, and one third of the chaperonin 60 gene for Lactobacillus isolates originally designated as L. casei, L. paracasei, L. rhamnosus, and L. zeae. For each genetic region, a phylogenetic tree was created and signature sequence analysis was done. As well, phenotypic analysis of the various strains was performed by immunoblotting. Both sequence signature analysis and immunoblotting gave immediate identification of L. casei, L. rhamnosus, and L. zeae isolates. These results corroborate and extend previous findings concerning these lactobacilli; therefore, we strongly endorse recent proposals for revised nomenclature. Specifically, isolate ATCC 393 is appropriately rejected as the L. casei type strain because of grouping with isolates identified as L. zeae. As well, because all other L. casei isolates, including the proposed neotype isolate ATCC 334, grouped together with isolates designated L. paracasei, we support the use of the single species L. casei and rejection of the name L. paracasei.Key words: Lactobacillus casei, Lactobacillus rhamnosus, Lactobacillus zeae, sequence signatures, immunoblot phenotype.

La taxonomie des espèces à l'intérieur du groupe de bactéries Lactobacillus casei n'a pas encore été établie. Dans le but d'aider à la clarification de la taxonomie de ces bactéries, nous avons examiné les trois premières régions variables du gène codant l'ARNr 16S, l'ADN espaceur localisé entre les gènes des ARNr 16S et 23S, et un tiers du gène codant la chaperonine 60, sur des isolats de Lactobacillus identifiés originellement comme étant L. casei, L. paracasei, L. rhamnosus et L. zeae. Un arbre phylogénique a été créé et une analyse des séquences signatures a été faite pour chacune des régions génétiques. En parallèle, une analyse phénotypique des différentes souches a été faite par immunobuvardage. L'analyse des séquences signatures et l'immunobuvardage ont tous deux conduit à l'identification immédiate des isolats de L. casei, L. rhamnosus et L. zeae. Ces résultats corroborent et étendent les données précédentes en ce qui concerne ces lactobacilles; en conséquence, nous supportons fortement les récentes propositions d'une nomenclature révisée. Plus spécifiquement, l'isolat ATCC 393 est pertinemment rejeté en tant que souche de L. casei à cause de son regroupement avec les isolats qu'on identifie comme L. zeae. De la même façon, parce que tous les autres isolats de L. casei, incluant le néo-type proposé d'isolat ATCC 334, se regroupent avec les isolats identifiés L. paracasei, nous appuyons la reconnaissance d'une seule espèce de L. casei et le rejet du nom L. paracasei.Mots clés : Lactobacillus casei, Lactobacillus rhamnosus, Lactobacillus zeae, séquences signatures, immunobuvardage phénotypique.[Traduit par la Rédaction]

Document Type: Research Article

Publication date: July 1, 2004

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  • Published since 1954, this monthly journal contains new research in the field of microbiology including applied microbiology and biotechnology; microbial structure and function; fungi and other eucaryotic protists; infection and immunity; microbial ecology; physiology, metabolism and enzymology; and virology, genetics, and molecular biology. It also publishes review articles and notes on an occasional basis, contributed by recognized scientists worldwide.
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