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Assessment of intra-species diversity among strains of Acinetobacter baumannii isolated from sites contaminated with petroleum hydrocarbons

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Abstract:

A total of 96 crude oil - degrading bacterial strains were isolated from 5 geographically diverse sites in India that were contaminated with different types of petroleum hydrocarbons. The strains were identified by sequencing the genes that encode for 16S rRNA. Out of the 96 isolates, 25 strains were identified as Acinetobacter baumannii and selected for the study. All of the selected strains could degrade the total petroleum hydrocarbon fractions of crude oil. These 25 strains were biochemically profiled and grouped into 8 phenovars on the basis of multivariate analysis of their substrate utilization profiles. PCR-based DNA fingerprinting was performed using intergenic repetitive DNA sequences, which divided the selected 25 strains into 7 specific genomic clusters. tRNA intergenic spacer length polymorphism was performed to determine the intra-species relatedness among these 25 strains. It delineated the strains into 8 genomic groups. The present study detected specific variants among the A. baumannii strains with differential degradation capacities for different fractions of crude oil. This could play a significant role in in situ bioremediation. The study also revealed the impact of environmental factors that cause intra-species diversity within the selected strains of A. baumannii.Key words: genotypic diversity, phenotypic diversity, crude oil, Acinetobacter baumannii.

Un total de 96 souches bactériennes dégradant le pétrole brut ont été isolées à partir de cinq sites géographiquement distincts contaminés avec différents types d'hydrocarbures de pétrole, en Inde. Les souches ont été identifiées par séquençage des gènes codant l'ARNr 16S. Parmi les 96 isolats, 25 souches ont été identifiées comme étant Acinetobacter baumannii et sélectionnées pour l'étude. Toutes les souches sélectionnées avaient la capacité de dégrader les fractions d'hydrocarbures pétroliers totaux du pétrole brut. Ces 25 souches ont été biochimiquement fichées et groupées en huit phénovars en s'appuyant sur une analyse multivariable de leur profils d'utilisation de substrats. Nous avons effectué une prise d'empreintes d'ADN par PCR en utilisant les séquences répétitives d'ADN intergénique, ce qui a divisé les 25 souches sélectionnées en sept regroupements génomiques spécifiques. Une analyse du polymorphisme de la longueur de l'espaceur intergénique de l'ARNt a été accomplie afin de déterminer les parentés inter-espèces parmi ces 25 souches. Celle-ci a permis de circonscrire les souches en huit groupes génomiques. Cette étude a également permis la détection de variantes spécifiques parmi les souches de A. baumannii ayant une capacité différentielle de dégradation de diverses fractions de pétrole brut. Ceci pourrait en retour jouer un rôle significatif dans le biotraitement in situ. L'étude a également souligné que des facteurs environnementaux pourraient être la cause de la diversité intra-espèces à l'intérieur des souches sélectionnées de A. baumannii.Mots clés : diversité génotypique, diversité phénotypique, pétrole brut, Acinetobacter baumannii.[Traduit par la Rédaction]

Document Type: Research Article

Publication date: 2004-06-01

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  • Published since 1954, this monthly journal contains new research in the field of microbiology including applied microbiology and biotechnology; microbial structure and function; fungi and other eucaryotic protists; infection and immunity; microbial ecology; physiology, metabolism and enzymology; and virology, genetics, and molecular biology. It also publishes review articles and notes on an occasional basis, contributed by recognized scientists worldwide.
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