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Physiological and genetic characterization of fluorescent Pseudomonas associated with Cantharellus cibarius

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Abstract:

Fluorescent Pseudomonas spp. isolated from fruiting bodies (FB) of Cantharellus cibarius were characterized physiologically and genetically and were compared with fluorescent Pseudomonas from forest soil and with sequences from the GenBank database. Pseudomonas spp. from FB differed physiologically from isolates from soil lacking FB and had some similarities with the strains obtained from soil underneath the FB. Analyses of the polymerase chain reaction (PCR) and restriction fragment length polymorphism (RFLP) patterns and partial sequencing analysis of the 16S-rDNA region indicated that the bacteria isolated from these environments were different. However, there was no specific Pseudomonas genotype restricted to the FB environment. Utilization of the reported fungal exudates trehalose and mannitol may explain how millions of bacteria survive in the C. cibarius FB without deteriorating the fungal mycelium. The importance of the metabolic characterization of bacteria and the possible mechanisms involved in the association with C. cibarius are discussed. Our study showed that standard processes for bacterial identification, e.g., Biolog® and 16S-rDNA are insufficient until databases for different ecosystems are created.Key words: Cantharellus cibarius, fluorescent Pseudomonas, carbon utilization, PCR–RFLP, 16S-rDNA sequencing.

Nous avons caractérisé au plan physiologique et génétique des souches de Pseudomonas spp. fluorescentes isolées de carpophore (FB) de Cantharellus cibarius et les avons comparées avec des Pseudomonas fluorescents isolés de sols forestiers et avec les séquences de la banque de données GenBank. Les Pseudomonas spp. des FB étaient physiologiquement différents des isolats du sol dépourvus de FB mais ils avaient des similitudes avec les souches provenant du sol en-dessous des FB. Les analyses des profils par amplification en chaîne par polymérase (PCR) et par polymorphisme de longueur des fragments de restriction (RFLP) et l'analyse de la séquence partielle de la région de l'ADNr 16S ont confirmé que les bactéries isolées de ces environnements étaient différentes. Par contre, il n'y avait aucun phénotype de Pseudomonas spécifique de l'environnement des FB. L'utilisation du tréhalose et du mannitol connus comme exsudats fongiques pourrait expliquer comment des millions de bactéries peuvent survivre dans les FB de C. cibarius sans affecter le mycélium du champignon. Nous discutons de l'importance de la caractérisation métabolique des bactéries et des mécanismes possibles responsables de l'association avec C. cibarius. Les résultats de notre recherche démontrent que les méthodes usuelles d'identification des bactéries, e.g., Biolog® et la confirmation de l'ADNr 16S ne sont pas assez performantes et qu'il faudrait créer des banques de données pour différents écosystèmes.Mots clés : Cantharellus cibarius, Pseudomonas fluorescents, utilisation du carbone, PCR–RFLP, séquence de l'ADNr 16S.[Traduit par la Rédaction]

Keywords: 16S-rDNA sequencing; Cantharellus cibarius; PCR–RFLP; carbon utilization; fluorescent Pseudomonas

Document Type: Research Article

Publication date: August 1, 2002

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  • Published since 1954, this monthly journal contains new research in the field of microbiology including applied microbiology and biotechnology; microbial structure and function; fungi and other eucaryotic protists; infection and immunity; microbial ecology; physiology, metabolism and enzymology; and virology, genetics, and molecular biology. It also publishes review articles and notes on an occasional basis, contributed by recognized scientists worldwide.
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