PCR and blot hybridization for rapid identification of Haloferax species

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Abstract:

Based on the amplification of a 16S rDNA, a PCR assay for the identification of species of Haloferax to genus level was performed. Two variable regions of the 16S rDNA in Haloferax spp. were selected as genus-specific primers for the PCR assay and hybridization probe. Five genera of halophilic Archaea and Escherichia coli were examined as outside groups. Using this approach, all strains of Haloferax spp. were positive. In contrast, all species belonging to the most closely related genera, including Natrinema, Halorubrum, Halobacterium, and Haloarcula, were negative. In addition, the mass bloom of halophilic Archaea that develops in the El-Mallahet saltern of Alexandria City was positive using the same approach. This assay, which does not require pure cultures of microorganisms, is a specific and rapid method for identifying Haloferax spp. in hypersaline environments.Key words: Haloferax spp., 16S rDNA, PCR, blot hybridization, El-Mallahet saltern.

En amplifiant un ADNr 16S, nous avons effectué des épreuves PCR qui dans le but d'identifier au niveau du genre l'espèce Haloferax. Deux régions variables de l'ADNr 16S de l'espèce Haloferax ont été sélectionnées comme amorces spécifiques du genre pour les épreuves PCR et sonde d'hybridation. Nous avons vérifié cinq genres d'haloarchaea ainsi qu'Escherichia coli comme genre non apparenté. Selon cette approche, toutes les souches d'Halo- ferax se sont révélées positives. Par contre, toutes les espèces appartenant aux genres les plus apparentés se sont révélées négatives incluant les genres Natrinema, Halorubrum, Halobacterium et Haloarcula. De plus, l'éclosion d'une biomasse d'Archaea halophiles qui s'est développée dans le marais salant El-Mallahet en Alexandrie s'est aussi révélée positive en suivant la même approche d'identification. Cette méthode ne nécessite pas l'utilisation de cultures pures de microorganismes et doit être considérée comme rapide et spécifique pour identifier Haloferax spp. dans les environnements hypersalés.Mots clés : Haloferax spp., ADNr 16S, PCR, hybridation par buvardage, marais salant El-Mallahet.[Traduit par la Rédaction]

Keywords: Haloferax spp

Document Type: Research Article

Publication date: May 1, 2002

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