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Molecular characterization of DNA encoding 16S–23S rRNA intergenic spacer regions and 16S rRNA of pectolytic Erwinia species

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Sequences of 16S rDNAs and the intergenic spacer (IGS) regions between the 16S and 23S rDNA of bacterial strains from genus Erwinia were determined. Comparison of 16S rDNA sequences from different species and subspecies clearly revealed intraspecies–subspecies homology and interspecies heterogeneity. Phylogenetic analyses of 16S rDNA sequence data revealed that Erwinia spp. formed a discrete monophyletic clade with moderate to high bootstrap values. PCR amplification of the 16S–23S rDNA regions using primers complementary to the 3' end of 16S and 5' end of 23S rRNA genes generated two DNA fragments. The small 16S–23S rDNA IGS regions of Erwinia spp. examined in this study varied considerably in size and nucleotide sequence. Multiple sequence alignment and phylogenetic analysis of small IGS sequence data showed a consistent relationship among the test strains that was roughly in agreement with the 16S rDNA data that reflected the accepted species and subspecies structure of the taxon. Sequence data derived from the large IGS resolved the strains into coherent groups; however, the sequence information would not allow any phylogenetic conclusion, because it failed to reflect the accepted species structure of the test strains.Key words: Erwinia spp., 16S rDNA, intergenic spacer region, tRNA genes, phylogeny.

Nous avons déterminé chez des souches bactériennes appartenant au genre Erwinia les séquences des ADNr 16S ainsi que les régions des espaceurs intergéniques (IGS) entre les ADNr 16S et 23S. Une comparaison des séquences de l'ADNr 16S de différentes espèces et sous-espèces a clairement révélé une homologie sous-espèces–intraespèces et une hétérogénéité interespèces. L'analyse phylogénétique des résultats des séquences des ADNr 16S a révélé que l'espèce Erwinia formait un groupe monophylétique discret d'après les valeurs modérées à élevées de rééchantillonnage. Par amplification en PCR des espaceurs entre l'ADNr 16S–23S à l'aide d'amorces complémentaires à l'extrémité 5' des gènes 23S et 3' des gènes de 16S, nous avons obtenu deux fragments d'ADN. Les courtes régions IGS des ADNr 16S–23S d'Erwinia spp. évaluées dans cette étude présentaient des variations importantes de la taille et de la séquence nucléotidique. L'alignement des séquences multiples et l'analyse phylogénétique des courtes séquences des régions IGS ont démontré une parenté uniforme parmi les souches vérifiées qui était grossièrement concordante avec les résultats de 16S, ce qui réflète bien la structure acceptée des espèces et sous-espèces du taxon. Les séquences des longues régions IGS permettent de classer les souches dans des groupes cohérents mais, par contre, l'information sur les séquences ne permettrait pas toute forme de conclusion phylogénétique parce que cette information ne réflète pas la structure des espèces acceptées chez les souches testées.Mots clés : Erwinia spp., ADNr 16S, région de l'espaceur intergénique, gènes de l'ARNt, phylogénie.

Keywords: Erwinia spp

Document Type: Research Article

Publication date: 2002-05-01

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  • Published since 1954, this monthly journal contains new research in the field of microbiology including applied microbiology and biotechnology; microbial structure and function; fungi and other eucaryotic protists; infection and immunity; microbial ecology; physiology, metabolism and enzymology; and virology, genetics, and molecular biology. It also publishes review articles and notes on an occasional basis, contributed by recognized scientists worldwide.
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