Utility of a pre-optimized kit for random amplified polymorphic DNA in typing Candida albicans

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Abstract:

The utility of a pre-optimized kit for random amplified polymorphic DNA (RAPD) was assessed in typing diverse strains of Candida albicans from epidemiologically unrelated inpatients (interpatient analysis) and in detecting clonal variations that maybe present within individual patient isolates (intrapatient analysis). Stool samples from inpatients were cultured on Inhibitory Mold agar. Nine individual colonies from all patients with 9 colonies of C. albicans (n = 18) were selected, frozen, and karyotyped using CHEF genomic DNA plug kits and CHEF-DRIII. Each of the selected colonies was then analyzed by RAPD, utilizing the selected kit, with 6 primers. Interpatient analysis revealed 9 karyotypes and 17 RAPD composites. RAPD discrimination was significantly better (p < 0.001). Intrapatient analysis revealed 34 (21%) and 33 (20.4%) variants among 162 colonies tested by RAPD and karyotyping, respectively. The results were discordant in 25 variants, all with differences of 1–3 bands. These results illustrate that this pre-optimized kit for RAPD provides excellent discrimination of genetically unrelated strains. Its performance in delineating subtle clonal differences was comparable with karyotyping; both methods failed to detect all minor genetic variations. The ease of use and quick turnaround time of this kit offer a practical and reliable method for typing diverse strains of C. albicans, but may be inadequate for assessing microevolution.Key words: Candida albicans, karyotyping, RAPD.

Une trousse pré-optimisée pour de l'ADN polymorphe amplifié au hasard (RAPD) a été mise à l'épreuve afin de classifier des souches diverses de Candida albicans provenant de patients hospitalisés n'étant pas reliés au niveau épidémiologique (analyse inter-patients), et afin de détecter des variations clonales qui pourraient être présentes entre les isolats d'un même patient (analyse intra-patient). Des échantillons de selles de patients hospitalisés ont été cultivés sur agar inhibiteur de moisissures. Neuf colonies isolées de tout patient ayant 9 colonies de C. albicans (n = 18) ont été sélectionnées, congelées et caryotypées à l'aide de trousses à bouchons d'ADN génomique CHEF et du CHEF-DRII. Chacune des colonies sélectionnées fut par la suite analysée par RAPD, en utilisant la trousse choisie, avec 6 amorces. Les analyses inter-patients ont révélé 9 caryotypes et 17 composés de RAPD. La discrimination par RAPD était significativement meilleure (p < 0,001). Les analyses intra-patient ont révélé respectivement 34 (21%) et 33 (20,4%) variants parmi les 162 colonies analysées par RAPD et caryotypage. Les résultats ont été incohérents chez 25 variants, tous avec des différences de 1–3 bandes. Ces résultats montrent que la trousse pré-optimisée pour le RAPD permet une excellent discrimination de souches génétiquement distinctes. Sa capacité à retracer des différences clonales subtiles fut comparable au caryotypage; les deux méthodes n'ayant pu détecter toutes les variations génétiques mineures. La facilité et la rapidité d'utilisation de cette trousse rendent cette méthode utile pour le typage de souches distinctes de C. albicans, mais pourrait s'avérer limitée dans l'évaluation de la micro-évolution.Mots clés : Candida albicans, caryotypage, RAPD.[Traduit par la Rédaction]

Keywords: Candida albicans; RAPD; caryotypage; karyotyping

Document Type: Research Article

Publication date: April 1, 2002

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  • Published since 1954, this monthly journal contains new research in the field of microbiology including applied microbiology and biotechnology; microbial structure and function; fungi and other eucaryotic protists; infection and immunity; microbial ecology; physiology, metabolism and enzymology; and virology, genetics, and molecular biology. It also publishes review articles and notes on an occasional basis, contributed by recognized scientists worldwide.
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