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Identification protocol for six Armillaria species from northeastern North America

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Abstract:

DNA sequences (~3kb long) extending from the intergenic spacer 1 (IGS1) region to the 18S gene were obtained for isolates of Armillaria ostoyae, Armillaria calvescens, Armillaria gallica, and Armillaria sinapina. Additional investigation of 16 A. ostoyae, 11 Armillaria gemina, 21 A. calvescens, 18 A. gallica, and 15 A. sinapina isolates produced 117 sequences spanning the 3′ end of the IGS1 through the 5S gene and into the 5′ end of the IGS2 region. Additional sequences spanning the 3′ IGS2 to 5′ 18S gene region were obtained for two A. ostoyae, three A. gemina, two A. calvescens, two A. gallica, and three A. sinapina isolates. This is the first report of complete IGS2 sequences from Armillaria spp. A species identification protocol involving species-specific primers and restriction fragment length polymorphism analysis was devised based on species-specific polymorphisms. The protocol successfully identified all 16 A. ostoyae, 11 A. gemina, three of three Armillaria mellea, 18 A. gallica, 14 of 15 A. sinapina (11/12 diploid and 3/3 haploid), and 14 of 21 A. calvescens (13/15 diploid and 1/6 haploid) isolates included in this study. To the best of our knowledge, this success rate has not been matched by other methods.

Les auteurs ont obtenu des séquences d’ADN (~3 kb de longueur) qui s’étendent de la région 1 de l’espaceur intergénique (IGS) jusqu’au gène 18S pour des isolats d’Armillaria ostoyae, Armillaria calvescens, Armillaria gallica et Armillaria sinapina. L’étude additionnelle de 16 isolats d’A. ostoyae, 11 d’A. gemina, 21 d’A. calvescens, 18 d’A. gallica et 15 d’A. sinapina a généré 117 séquences couvrant l’intervalle entre le bout 3′ de l’IGS1 et le bout 5′ de la région IGS2 en passant par le gène 5S. Des séquences additionnelles couvrant l’intervalle entre le bout 3′ de l’IGS2 et la région 5′ du gène 18S ont été obtenues pour deux isolats d’A. ostoyae, trois d’A. gemina, deux d’A. calvescens, deux d’A. gallica et trois d’A. sinapina. C’est la première fois qu’on obtient des séquences complètes d’IGS2 pour des espèces d’Armillaria. À partir de polymorphismes spécifiques à chaque espèce, les auteurs ont déterminé un protocole d’identification des espèces impliquant des amorces spécifiques à chaque espèce et l’analyse de polymorphismes de longueur des fragments de restriction. Le protocole a permis d’identifier avec succès les 16 isolats d’A. ostoyae, les 11 isolats d’A. gemina, trois des trois isolats d’Armillaria mellea, les 18 isolats d’A. gallica, 14 des 15 isolats d’A. sinapina (11 des 12 diploïdes et trois des trois haploïdes) et 14 des 21 isolats d’A calvescens (13 des 15 diploïdes et un des six haploïdes). Au meilleur de la connaissance des auteurs, ce taux de succès n’aurait pas été égalé par d’autres méthodes.

Document Type: Research Article

Publication date: March 1, 2010

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nrc/cjfr/2010/00000040/00000003/art00012
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