Cultural and PCR-based identification of the two most common fungi from cankers on container-grown Norway spruce seedlings

Authors: Lilja, A; Poteri, M; Vuorinen, M; Kurkela, T; Hantula, J

Source: Canadian Journal of Forest Research, Volume 35, Number 2, February 2005 , pp. 432-439(8)

Publisher: NRC Research Press

Buy & download fulltext article:

OR

Price: $50.00 plus tax (Refund Policy)

Abstract:

Assays were made to identify the most common fungi in cankers occurring on container seedlings of Norway spruce. The fungi isolated from cankers were first separated into morphological groups based on colony color, growth rate, and pattern on malt extract agar. Profiling of 18S rDNA indicated that several operational taxonomic units (OTUs) inhabited the cankers, some (OTU1 and OTU2) of which could be linked to mycelial cultures also isolated from the cankers. In addition, OTU1 could be linked to isolates originating from damped-off seedlings. Although the cultures linked to OTU1 differed morphologically from each other, the random amplified microsatellite analysis showed that they were genetically highly similar and represented a single species. Later, when these cultures were kept in natural sunlight, they all produced conidia morphologically similar to Sirococcus conigenus. Also, their partial 18S rDNA sequence was identical to that of S. conigenus in GenBank. The other common fungus (OTU2) was not possible to identify to species level, but based on comparisons with sequences in GenBank, it was closely related to Phoma herbarum. In preliminary tests, both S. conigenus (OTU1) and P. herbarum related fungus (OTU2) were pathogenic to Norway spruce seedlings.

On a effectué des tests afin d'identifier les champignons retrouvés le plus fréquemment dans les chancres observés sur des semis d'épinette de Norvège produits en récipient. Les champignons isolés à partir des chancres ont d'abord été séparés en deux groupes morphologiques selon la couleur des colonies, ainsi que la vitesse et le patron de croissance sur gélose additionnée d'extrait de malt. L'étude du profil de l'ADNr18S a révélé que plusieurs unités taxonomiques opérationnelles (UTO) colonisaient les chancres, certaines d'entre elles (UTO1 et UTO2) étant d'ailleurs reliées à des cultures mycéliennes également isolées à partir des chancres. De plus, on a pu relier le groupe UTO1 à des isolats provenant de jeunes plants affectés par la fonte des semis. Bien que les cultures liées au groupe UTO1 diffèrent morphologiquement les unes des autres, l'analyse de microsatellites amplifiés de façon aléatoire démontre que ces cultures possèdent une similarité génétique élevée et appartiennent à une seule espèce. Toutes ces cultures ont subséquemment produit des conidies morphologiquement semblables à celles du Sirococcus conigenus après qu'elles eurent été laissées sous un éclairage naturel. De plus, les séquences partielles d'ADNr18S de ces cultures sont semblables aux séquences de S. conigenus déposées dans GenBank. Les auteurs n'ont pu identifier précisément l'autre champignon fréquemment retrouvé dans les chancres (UTO2) mais des comparaisons avec les séquences de GenBank indiquent qu'il est étroitement apparenté au Phoma herbarum. Les résultats de tests préliminaires indiquent que le S. conigenus (UTO1) et le champignon apparenté au P. herbarum (UTO2) sont tous deux pathogènes à l'endroit de semis d'épinette de Norvège.[Traduit par la Rédaction]

Document Type: Research Article

Publication date: February 1, 2005

More about this publication?
  • Published since 1971, this monthly journal features articles, reviews, notes and commentaries on all aspects of forest science, including biometrics and mensuration, conservation, disturbance, ecology, economics, entomology, fire, genetics, management, operations, pathology, physiology, policy, remote sensing, social science, soil, silviculture, wildlife and wood science, contributed by internationally respected scientists. It also publishes special issues dedicated to a topic of current interest.
  • Information for Authors
  • Submit a Paper
  • Subscribe to this Title
  • Terms & Conditions
  • Sample Issue
  • Reprints & Permissions
  • ingentaconnect is not responsible for the content or availability of external websites
Related content

Tools

Key

Free Content
Free content
New Content
New content
Open Access Content
Open access content
Subscribed Content
Subscribed content
Free Trial Content
Free trial content

Text size:

A | A | A | A
Share this item with others: These icons link to social bookmarking sites where readers can share and discover new web pages. print icon Print this page