The development of microsatellite DNA markers for genetic analysis in Douglas-fir

Authors: Amarasinghe V.; Carlson J.E.

Source: Canadian Journal of Forest Research, Volume 32, Number 11, November 2002 , pp. 1904-1915(12)

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Abstract:

The microsatellite motifs AG, AC, and ATG were found to be the most abundant in Douglas-fir (Pseudotsuga menziesii (Mirb.) Franco) and several other conifer tree species among di-, tri-, and tetra-nucleotide simple sequence repeats (SSR). Colonies containing AG, AC, and ATG repeats were selected from enriched genomic libraries of Douglas-fir, and 603 were sequenced. Polymerase chain reaction (PCR) primers were designed from flanking sequences in 102 of the SSR clones, of which 50 primer pairs (for 10 AC-repeat microsatellites and 40 AG-repeat microsatellites) produced robust amplification products. Variability was confirmed with 24 unrelated Douglas-fir trees and Medelian segregation with 33-66 progeny from 3 full-sib populations. Forty-eight of the 50 loci were polymorphic, with a mean of 7.5 alleles per locus. Allele sizes ranged from 73 to 292 base pairs. Allele frequencies for the 48 polymorphic loci varied from 0.017 to 0.906 with mean allele frequency of 0.250. Expected heterozygosities among the polymorphic loci varied from 0.174 to 0.926, with a mean of 0.673. Additional, high molecular weight PCR products were amplified by some of the primer pairs, but they did not interfere with the scoring of alleles. Most of the Douglas-fir primer pairs also amplified SSR-containing loci in other conifer species.

Parmi les séquences simples répétées (SSR) montrant deux, trois ou quatre nucléotides, les motifs de microsatellite AG, AC et ATG ont été observés comme étant les plus abondants chez le sapin de Douglas (Pseudotsuga menziesii (Mirb.) Franco) et quelques autres espèces arborescentes de conifère. Les auteurs ont choisi des colonies arborant des motifs répétés AG, AC et ATG à partir de banques génomiques enrichies de sapin de Douglas et en ont séquencé 603. Des amorces PCR ont été élaborées à partir des séquences flanquant les régions répétées pour 102 des clones SSR, desquelles 50 paires d'amorces (pour 10 microsatellites arborant un motif répété AC et 40 microsatellites arborant un motif répété AG) ont résulté en des produits d'amplification robustes. La variabilité a été confirmée à l'aide de 24 sapins de Douglas non apparentés et la ségrégation mendélienne a été vérifiée avec 33 à 66 descendants issus de trois croisements biparentaux. Quarante-huit des 50 loci étaient polymorphes, avec une moyenne de 7,5 allèles par locus. La taille des allèles variait de 73 à 292 pb. Les fréquences alléliques pour les 48 loci polymorphes variaient de 0,017 à 0,906 avec une fréquence allélique moyenne de 0,250. Parmi les loci polymorphes, l'hétérozygotie espérée variait de 0,174 à 0,926, avec une moyenne de 0,673. Des produits PCR additionnels de haut poids moléculaire ont été amplifiés par certaines paires d'amorces, mais ils n'ont pas interféré avec la notation des allèles. La plupart des paires d'amorces de sapin de Douglas amplifiaient également des loci arborant des SSR chez les autres espèces conifériennes.[Traduit par la Rédaction]

Language: English

Document Type: Research article

Publication date: 2002-11-01

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