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Highly polymorphic microsatellite markers in Chamaecyparis obtusa

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Abstract:

Nine microsatellite loci in hinoki, Chamaecyparis obtusa (Sieb. et Zucc.) Endl., were identified and characterized. A genomic library, developed using enrichment with magnetic beads, was screened to identify microsatellite repeats (CT/AG). The microsatellite loci, where the alleles were segregated, displayed codominant Mendelian inheritance. Genetic analysis of 16 plus trees and two unrelated individuals of Chamaecyparis obtusa revealed that all loci were highly polymorphic, with an average of 10.3 alleles per locus, and an average gene diversity of 0.77. The applicability of these microsatellite loci was also tested in other species of the Cupressaceae and in Cryptomeria japonica (L.f.) D. Don (Taxodiaceae, a family closely related to Cupressaceae). Polymerase chain reaction (PCR) amplification was successful for about half of the loci of the species in the genus Chamaecyparis. However, the PCR amplification patterns of the 11 species of Cupressaceae showed no clear correlations with their molecular phylogeny. The highly polymorphic microsatellite loci in Chamaecyparis obtusa, identified here, will be useful in studies of hinoki breeding and population genetics.

Les auteurs ont identifié et caractérisé neuf loci de microsatellites chez Chamaecyparis obtusa (Sieb. et Zucc.) Endl. Pour ce faire, ils ont criblé une banque génomique pour des motifs répétés de microsatellites (CT/AG). La banque avait été préalablement enrichie à l'aide de billes magnétiques. Les loci de microsatellites affichant des allèles en ségrégation ont révélé une transmission co-dominante mendélienne. L'analyse génétique de 16 arbres plus et de deux individus non apparentés de Chamaecyparis obtusa a démontré que tous les loci étaient hautement polymorphes, avec une moyenne de 10,3 allèles par locus et une diversité génétique moyenne de 0,77. L'utilité de ces loci de microsatellites pour d'autres espèces de la famille des Cupressaceae et chez Cryptomeria japonica (L.f.) D. Don (Taxodiaceae, une famille proche parente des Cupressaceae) a été vérifiée. L'amplification par réaction en chaîne de la polymérase (RCP) a été réalisée avec succès pour environ la moitié des loci chez les espèces du genre Chamaecyparis. Toutefois, les patrons d'amplification par RCP des 11 espèces de Cupressaceae ne montraient pas de corrélations claires avec leur phylogénie moléculaire. Les loci de microsatellites hautement polymorphes identifiés dans cette étude chez Chamaecyparis obtusa seront utiles pour les études de génétique des populations et les travaux d'amélioration génétique chez cette espèce.[Traduit par la Rédaction]

Document Type: Research Article

Publication date: December 1, 2001

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