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Admixture analysis and stocking impact assessment in brown trout (Salmo trutta), estimated with incomplete baseline data

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Abstract:

Studies of genetic interactions between wild and domesticated fish are often hampered by unavailability of samples from wild populations prior to population admixture. We assessed the utility of a new Bayesian method, which can estimate individual admixture coefficients even with data missing from the populations contributing to admixture. We applied the method to analyse the genetic contribution of domesticated brown trout (Salmo trutta) in samples of anadromous trout from two stocked populations with no genetic data available before stocking. Further, we estimated population level admixture proportions by the mean of individual admixture coefficients. This method proved more informative than a multidimensional scaling analysis of individual-based genetic distances and assignment tests. The results showed almost complete absence of stocked, domesticated trout in samples of trout from the rivers. Consequently, stocking had little effect on improving fisheries. In one population, the genetic contribution by domesticated trout was small, whereas in the other population, some genetic impact was suggested. Admixture in this sample of anadromous trout despite absence of stocked domesticated trout could be because of introgression by domesticated trout adopting a resident life history.

L'étude des interactions génétiques entre les poissons sauvages et les poissons domestiqués est souvent entravée par l'absence d'échantillons provenant de la population sauvage avant le mélange des populations. Nous avons déterminé l'utilité d'une nouvelle méthode bayésienne qui peut estimer les coefficients individuels de mélange, même lorsqu'il manque des données au sujet des populations qui ont contribué au mélange. Nous avons appliqué la méthode à l'analyse de la contribution de Truites brunes domestiquées dans des échantillon de truites anadromes de deux populations ensemencées pour lesquelles aucune information génétique préalable n'était disponible. De plus, nous avons estimé les proportions du mélange au niveau de la population par la moyenne des coefficients individuels de mélange. La méthode s'est avérée plus riche en renseignements qu'une analyse de cadrage multidimensionnel des distances génétiques calculées sur une base individuelle et des tests d'attribution. Les résultats révèlent une absence à peu près totale de truites domestiquées ensemencées dans les échantillons prélevés dans les rivières. L'ensemencement n'a donc que peu contribué à l'amélioration de la pêche. Dans l'une des populations, la contribution génétiques des truites domestiquées était faible, alors que, dans l'autre, il y avait des signes d'un impact génétique. L'existence d'un mélange génétique dans cette population de truites anadromes, malgré l'absence de truites domestiquées ensemencées, pourrait être due à une introgression à partir de truites domestiquées qui ont adopté un cycle biologique de type sédentaire.[Traduit par la Rédaction]

Document Type: Research Article

Publication date: September 1, 2001

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  • Published continuously since 1901 (under various titles), this monthly journal is the primary publishing vehicle for the multidisciplinary field of aquatic sciences. It publishes perspectives (syntheses, critiques, and re-evaluations), discussions (comments and replies), articles, and rapid communications, relating to current research on cells, organisms, populations, ecosystems, or processes that affect aquatic systems. The journal seeks to amplify, modify, question, or redirect accumulated knowledge in the field of fisheries and aquatic science. Occasional supplements are dedicated to single topics or to proceedings of international symposia.
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