Authors: Clarkston, Bridgette E.; Saunders, Gary W.

Source: Botany, Volume 88, Number 2, February 2010 , pp. 119-131(13)

Publisher: NRC Research Press

Abstract:

Accurate identification of many red algae to the species level using only morphological characters can be difficult. The emerging field of “molecular-assisted alpha taxonomy“ can greatly alleviate this issue. In this approach, a large number of specimens are sequenced for a standard DNA marker as a first step to genetic species assignment, followed by detailed morphological observations. Regions of both the mitochondrial cytochromec oxidase I gene (COI-5P) and the plastid 23S rRNA gene (UPA) have been proposed as DNA barcode markers to accomplish this task. We compared the utility of each marker as a species identification tool using members of the marine red algal family Kallymeniaceae from British Columbia, Canada. Our results indicate that COI-5P is a more sensitive marker for delimiting species, but that it can be difficult to acquire clean amplification products for many isolates of Kallymeniaceae, owing to biological contamination. This problem can be overcome by using specific primers. UPA, on the other hand, has universal primers that work in diverse lineages (e.g., red, brown, and green algae), but lower interspecific sequence variation, which has the potential to underestimate species diversity, although this was not observed in our study. During our survey, we uncovered a new species of the Kallymeniaceae, Euthora timburtonii Clarkston et G.W.Saunders sp. nov., which we describe here.

L'identification précise de plusieurs algues rouges à l'espèce en n'utilisant que les seuls caractères morphologiques s'avère souvent difficile. L'avènement de la taxonomie alpha à l'aide des données moléculaires peut grandement améliorer cette situation. Selon cette approche, on peut séquencer un grand nombre de spécimens pour obtenir des marqueurs ADN comme première étape pour l'attribution génétique aux espèces, tout en conduisant des observations morphologiques détaillées. On a proposé les régions du gène I du cytochromec oxydase mitochondrial (COI-5P) et le gène plastidique 23S rARN (UPA), comme marqueurs code-barre ADN pour réaliser ce travail. Les auteurs ont comparé l'utilité de chacun des marqueurs comme outil d'identification des espèces en utilisant des membres de la famille Kallymeniaceae d'algues rouges, en Colombie-Canadienne. Le COI-5P s'avère comme un marqueur plus sensible pour délimiter les espèces, mais il est difficile d'obtenir des produits d'amplifications précis pour plusieurs isolats de Kallymeniaceae, suite à la contamination biologique. On peut surmonter ce problème en utilisant des amorces spécifiques. D'autre part, l'UPA comporte des amorces universelles qui fonctionnent avec diverses lignées (par exemple, les algues rouges, brunes et vertes) mais diminuent la variation des séquences interspécifiques, lesquelles ont la capacité de sous-estimer la diversité des espèces, bien que les auteurs n'aient pas observé ce phénomène. Au cours de leur travail, les auteurs ont découvert une nouvelle espèce de Kallymeniaceae, l'Euthora timburtonii Clarkston et G.W.Saunders sp. nov., ici décrite.

Document Type: Research article

Publication date: 2010-02-01

More about this publication?

• Published since 1929, this monthly journal features comprehensive research articles and notes in all segments of plant sciences, including cell and molecular biology, ecology, mycology and plant-microbe interactions, phycology, physiology and biochemistry, structure and development, genetics, systematics, and phytogeography. It also publishes commentary and review articles on topics of current interest, contributed by internationally recognized scientists.
  
  Previously published as the Canadian Journal of Botany
• Information for Authors
• Submit a Paper
• Subscribe to this Title
• Terms & Conditions
• Sample Issue
• Reprints & Permissions
• ingentaconnect is not responsible for the content or availability of external websites

Related content

• In this: publication
• By this: publisher
• In this Subject: Botany
• By this author: Clarkston, Bridgette E. ;  Saunders, Gary W.

Website © Publishing Technology. Article copyright remains with the publisher, society or author(s) as specified within the article.

• Terms and conditions
• Privacy policy
• Information for advertisers