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Free Content Cystic fibrosis: defining a disease under-diagnosed in Pakistan

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Abstract:

Summary Objective  Cystic fibrosis is frequently missed in the Pakistani population due to lack of appropriate diagnostic tools. Thus our aim was to define unknown disease-causing mutations to help create suitable diagnostic tests and improve understanding of what appears to be an aggressive and under-diagnosed disease in this population. Methods  Patients with elevated sweat chloride values and clinically suspected CF were recruited from Aga Khan University, Pakistan. Mutations DF508, S549R, S549N, Y569D, 296 + 12(T>C), G553X, G551D and G551X were screened for by allele specific polymerase chain reactions. CFTR exons 10, 11 and 12 were sequenced by direct DNA sequencing. Results  Of 150 patients tested by PCR, 26 (17.3%) were positive for ΔF508. One patient was a F508/S549N compound heterozygote. Eighty-three of 87 patients sequenced for mutations in exon 10 were normal; 42/43 for exon 11 and 29 for exon 12 were normal. Conclusion  This first step in defining mutations involved in Pakistani CF suggests that ΔF508 is uncommon and S549 was the only additional mutation identified in CFTR exons 10, 11 and 12. Identification of the remaining mutations and their frequency is required to design appropriate tests and improve understanding and management of the disease.

French
Objectif: 

La mucoviscidose est souvent non détectée dans la population pakistanaise à cause du manque d’outils de diagnostic appropriés. Par conséquent, notre but était de définir des mutations inconnues, associées à la maladie, afin d’aider à créer des tests de diagnostic convenables et d’améliorer la compréhension de ce qui semble être une maladie agressive et sous-diagnostiquée dans cette population. Méthodes: 

Les patients avec des valeurs élevées de chlorure dans la sueur et cliniquement suspects de mucoviscidose ont été recrutés à l’Université d’Aga Khan au Pakistan. Les mutations ΔF508, S549R, S549N, Y569D, 296 + 12 (T> C), G553X, G551D et G551X ont été recherchées par des réactions en chaîne de la polymérase d’allèle spécifique. Les exons CFTR 10, 11 et 12 ont été séquencés par séquençage direct de l’ADN. Résultats: 

Sur 150 patients testés par PCR, 26 (17,3%) étaient positifs pour ΔF508. Un patient était hétérozygote F508/S549N. 83/87 patients séquencés pour les mutations dans l’exon 10 étaient normaux. pour l’exon 11, 42/43 patients et pour l’exon 12, 29 patients étaient normaux. Conclusion: 

Cette première étape dans la définition des mutations impliquées dans la mucoviscidose pakistanaise suggère que ΔF508 n’est pas courante et S549 est la seule mutation CFTR supplémentaire identifiée dans les exons 10, 11 et 12. L’identification des autres mutations et leur fréquence est nécessaire pour la conception de tests appropriés et pour améliorer la compréhension et la prise en charge de la maladie.

Keywords: DNA sequencing; Mucoviscidose; PCR; Pakistan; Pakistán; cystic fibrosis; diagnostic method; estudio basado en hospital; fibrosis quística; hospital-based study; méthodes de diagnostic; método diagnóstico; secuenciación de ADN; séquençage de l’ADN; étude basée sur l’hôpital

Document Type: Research Article

DOI: http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-3156.2009.02253.x

Affiliations: 1:  Harvard Medical School Dubai Center, Dubai, UAE 2:  Aga Khan University, Karachi, Pakistan

Publication date: May 1, 2009

bsc/tmih/2009/00000014/00000005/art00010
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6
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