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Free Content Phylogeny of dengue viruses circulating in Jeddah, Saudi Arabia: 1994 to 2006

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Abstract:

Summary The nucleotide sequence of the 240 bp E/NS1 junction of 81 dengue viruses isolated from cases in Jeddah, Saudi Arabia was determined and used to serotype the viruses. The nucleotide sequences of the complete Envelope (E) genes of 19 isolates were used for a phylogenetic analysis of the dengue viruses circulating in Saudi Arabia from 1994 to 2006. Three of the four dengue serotypes (DENV-1, DENV-2 and DENV-3) were found to circulate, often with more than one serotype in each outbreak. There was a major outbreak caused by DENV-1 and DENV-2 in 1994 while DENV-3 emerged in 1997. In the summer of 2004, all three serotypes were isolated and this gave way to an extended outbreak of DENV-1 that stretched from the summer of 2005 through early 2006. In the 1994 outbreak, the DENV-1 circulating was from the America-Africa genotype (lineage India-2) while the most recent outbreak in 2005 and 2006 was caused by a different DENV-1 strain from genotype Asia (lineage Asia-2), suggesting a re-introduction of DENV-1 a decade after the first introduction in 1994. There has been no change in the genotypes of DENV-2 (cosmopolitan genotype) and DENV-3 (genotype III) circulating since introduction in 1994 and 1997, respectively.

French
La séquence nucléotidique du segment E/NS1 de 240 bp de 81 virus isolés de cas de dengue à Djeddah en Arabie Saoudite a été déterminée et utilisée pour sérotyper le virus. Les séquences nucléotidiques complètes des gènes de l’enveloppe (E) de 19 isolats ont été utilisées pour une analyse phylogénétique des virus de dengue circulant en Arabie Saoudite de 1994 à 2006. Trois des quatre sérotypes de dengue (DENV-1, DENV-2 et DENV-3) ont été trouvés circulant, souvent avec plus d’un sérotype dans chaque épidémie. Une épidémie étendue causée par DENV-1 et DENV-2 a été enregistrée en 1994. Tandis que DENV-3 est apparu en 1997. Durant l’été 2004, tous les trois sérotypes ont été isolés et cela avait donné lieu à une épidémie étendue de DENV-1 qui s’est prolongée de l’été de 2005 ou au début 2006. Dans l’épidémie de 1994, le DENV-1 circulant était du génotype Amérique-Afrique (lignée Inde-2). Tandis que les plus récentes épidémies de 2005 et 2006 étaient causées par une autre souche de DENV-1 de génotype Asie (lignée Asie-2). Ces observations suggèrent une réintroduction de DENV-1 une décennie après la première introduction en 1994. Il n’y a pas eu de changement dans les génotypes de DENV-2 (génotype cosmopolite) et DENV-3 (génotype III) circulant depuis l’introduction en 1994 et 1997 respectivement.

Keywords: Arabia Saudita; Arabie Saoudite; Saudi Arabia; dengue; filogenia; phylogeny; phylogénie

Document Type: Research Article

DOI: https://doi.org/10.1111/j.1365-3156.2008.02037.x

Affiliations: 1:  Dr Soliman Fakeeh Hospital, Jeddah, Saudi Arabia 2:  Institute of Health and Community Medicine, Universiti Malaysia Sarawak, Kota Samarahan, Malaysia

Publication date: 2008-04-01

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