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Free Content Detection of mutant P2 adenosine transporter (TbAT1) gene in Trypanosoma brucei gambiense isolates from northwest Uganda using allele-specific polymerase chain reaction

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Abstract:

Summary Objective  To assess the application of allele-specific PCR (AS-PCR) as a fast, cheap and reliable method for detecting mutant TbAT1 associated with melarsoprol relapse in isolates from northwest Uganda. Methods  A total of 105 trypanosome isolates were analysed using N1 restriction fragment length polymorphism (RFLP) and AS-PCR, the former used as the gold standard. Sensitivity, specificity, positive and negative predictive values of AS-PCR as well as agreement between the tests were determined. Results  Eleven trypanosome isolates had mutant TbAT1 while 94 exhibited the wild-type TbAT1 genes. There was a highly significant agreement between N1 RFLP and AS-PCR with kappa and intra-class correlation values of 1.0. The sensitivity and specificity of AS-PCR were both 100%, while the positive and negative predictive values were found to be equal to 1.0. Cost and time analyses were performed and AS-PCR was 4.3 times cheaper than N1 RFLP, in addition to the less time required for its execution. Conclusion  AS-PCR should be the test of choice for screening for mutant TbAT1 in the ever-increasing numbers of field trypanosome isolates.

French
Détection du gène du mutant P2 du transporteur d’adénosine (TbAT1) dans des isolats de T. b. gambiense du nord-ouest de l’Ouganda en utilisant la PCR allèle-spécifique Objectif: 

Evaluer l’application de la PCR allèle-spécifique (AS-PCR) comme méthode rapide, bon marché et fiable pour détecter le mutant TbAT1 associée à la rechute au melarsoprol dans des isolements de T. b. gambiense du nord-ouest de l’Ouganda. Méthodes: 

Un total de 105 isolements de trypanosome ont été analysés en utilisant le SfaN1 RFLP et la PCR allèle-spécifique, la première technique utilisée comme référence. La sensibilité, spécificité et les valeurs prédictives, positives et négatives de l’AS-PCR ainsi que la concordance entre les tests ont été déterminées. Résultats: 

11 isolements de trypanosome avaient le mutant TbAT1 alors que 94 présentaient le gène TbAT1 de type sauvage. Il y avait une concordance hautement significative entre les techniques SfaN1 RFLP et AS-PCR avec des valeurs de corrélation de kappa et d’intra-classe de 1,0. La sensibilité et la spécificité de l’AS-PCR étaient toutes les deux de 100%, alors que les valeurs prédictives positives et négatives calculées étaient égales à 1,0. Des analyses de coût et de temps ont été réalisées et l’AS-PCR était 4,3 fois meilleur marché que le SfaN1 RFLP, avec en plus moins de temps requis pour son exécution. Conclusion: 

l’AS-PCR devrait être le test de choix de criblage pour le mutant TbAT1 dans les nombres toujours croissants d’isolements de trypanosomes sur le terrain.

Keywords: PCR Allèle-spécifique; PCR alelo-específica; T. brucei adenosine transporter; Transportador de la adenosina de T. brucei; Tripanosomiasis Humana Africana; Trypanosomiase africaine humaine; allele-specific PCR; drug resistance; human African trypanosomiasis; melarsopro; melarsoprol; resistencia a medicamentos; résistance aux médicaments; transporteur d’adénosine de T. brucei

Document Type: Research Article

DOI: https://doi.org/10.1111/j.1365-3156.2007.01918.x

Affiliations: 1:  National Livestock Health Research Institute, Tororo, Uganda 2:  Faculty of Veterinary Medicine, Makerere University, Kampala, Uganda 3:  Faculty of Science, Makerere University, Kampala, Uganda

Publication date: 2007-11-01

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