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Genetic variations of randomly amplified polymorphic DNA polymorphisms in Taoyuan and Duroc pigs

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Abstract:

The purposes of this study were to assess the genetic variability between Taoyuan (T) and Duroc (D) pigs using randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) fingerprints and to evaluate the genetic relationship to a commercial synthetic line-Taiwan Black (TB) pig (75% D, 25% T). To assess the genetic variability between T and D, 71 random primers (Operon) were used for RAPD fingerprinting by polymerase chain reaction (PCR). The evaluation of the genetic relationship was based on band sharing frequency and band frequency. Thirty-five of the 71 primers (49%) could generate polymorphisms in RAPD fingerprints of T or D pigs. Twenty-two primers produced polymorphic bands from only T genomic DNA, and 14 primers could produce polymorphic bands from only D genomic DNA. These results indicated that there was some genetic difference between T and D pigs. The within-population genetic similarity (WGS) for T, D, and TB populations were 0.742, 0.747, and 0.745, respectively, the between-population genetic similarity (BGS) was 0.946 between T and TB; 0.953 between D and TB; and 0.934 between D and T. The parameters of genetic distance between T and TB; D and TB, T and D were 0.080, 0.064, and 0.096, respectively. When the values of genetic similarity and genetic distance between populations estimated as frequency of occurrence of bands showed lower genetic similarities between pig populations, but indicted similar relationship. TB was genetically more related to D than to T. It provided evidence of the usefulness of the RAPD technique to determine genetic relatedness among T, D, and TB.

German
Schätzung der genetischen Variation zwischen Taoyuan-und Duroc-Schweinen anhand von RAPD-Polymorphismen

Das Ziel dieser Studie war die Schätzung der genetischen Variabilität zwischen Touyan (T) und Duroc (D) Schweinen unter der Verwendung von RAPD (random amplified polymorphic DNA) Fingerprints und die Bewertung der genetischen Verwandtschaft zu einer kommerziellen Linie, dem Taiwan Black (TB) Schwein (75% D, 25%T). Um die genetische Variation zwischen D- und T-Schweinen zu schätzen, wurden für die RAPD Fingerprints 71 zufällige Primer für die PCR gewählt. Die Bewertung der genetischen Verwandtschaft basierte auf der Frequenz der gemeinsamen Banden sowie der Bandenfrequenz an sich. 35 der 71 verwendeten Primer (49%) ergaben Polymorphismen bei den RAPD Fingerprints für T- oder D-Schweine. Bei 22 Primern konnten nur bei Verwendung von genomischer DNA von T-Schweinen polymorphe Banden festgesttellt werden und mit 14 Primern konnten nur bei Verwendung genomischer DNA von D-Schweinen polymorphe Banden identifiziert werden. Diese Ergebnisse zeigen, dass zwischen D- und T-Schweinen einige genetische Differenzen bestehen. Die genetische Ähnlichkeit innerhalb der Population (WGS) für T-, D- und TB-Schweine betrug 0,742, 0,747 und 0,745. Die genetische Ähnlichkeit zwischen den Populationen (BGS) betrug 0,946 zwischen T- und TB-Schweinen; 0,953 zwischen D- und TB-Schweinen sowie 0,934 zwischen D- und T-Schweinen. Die Parameter für die genetische Distanz zwischen T und TB, D und TB sowie T und D lagen bei 0,080, 0,064 und 096. Die Werte der genetischen Ähnlichkeit und der genetischen Distanz zwischen den Populationen, geschätzt als bandenfrequenz, zeigte eine geringe genetische Ähnlichkeit zwischen den Schweinepopulationen, aber deutete ähnliche Beziehungen an. TB-Schweine waren genetisch mehr mit D-Schweinen als mit T-Schweinen verwandt. Dies liefert den Beweis, dass die RAPD-Technik geeignet ist, um die genetischen Beziehungen zwischen T-, D- und TB-Schweinen festzustellen.

Document Type: Research Article

DOI: https://doi.org/10.1046/j.1439-0388.2001.00278.x

Affiliations: 1: Taiwan Livestock Research Institute, Shinhua, Tainan, Taiwan, R.O.C. 2: Department of Animal Science, National Chung Hsing University, Taichung, Taiwan, R.O.C. 3: Institute of Biotechnology, National Cheng Kung University, Tainan, Taiwan, R.O.C.

Publication date: 2001-04-01

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